— 回想 —
クラークがジョナサンとマーサと車で外出中の出来事。
すると目の前で起こる巨大ハリケーン。
逃げ惑う人達、ジョナサンはクラークとマーサを近くの陸橋の下へ向かわせ、ジョナサンは現場に残り人々を陸橋へ誘導する。
途中で愛犬を車へ残してきたと言うマーサ。クラークが車へ向かうとするが、ジョナサンが制止。
ジョナサンが愛犬を救いに行くが、突風により飛んできた車で脚を負傷。
逃げ切れないと悟り、助けに向かおうとするクラークだが、遠くから「来るな」と合図するジョナサン。
そのままハリケーンに飲み込まれて、亡くなってしまった。
クラークの力を使えば助けられたが、クラークの秘密を守るために自分の命を差し出したジョナサン。
その意思を守るために今は自分の素性は明かせないと。
ロイスはそれに心を打たれ、取材を中止するが、すでにゴシップサイトにリークした記事は公開されており、それに編集長がロイスの謹慎休暇を提示。
編集長はロイスの取材中止には意味があることを悟り、地球人がもしもエイリアンが居ると知ったら混乱する。君の判断は正しいと。
久しぶりに実家の農家に帰ってきたクラークは母と再会。
そこで宇宙船で自分の事を知れたと。
共に母の愛情を再確認。
一方国防総省では謎の宇宙船の飛来を確認。
その後突然全世界のテレビ電波をジャック。
宇宙船からの電波はゾッド将軍によるもので、テレビジャックにより、カル＝エルを差し出せ、差し出せば危害は加えない、差し出さなければ安全は保証できない。と放映。
ゴシップに関連した記事をリークしたロイスはFBIから追われ、拘束されてしまう。
教会にやってきたクラークは牧師に相談。
「自分は地球を救うために身を差し出すべきか」
「ゾッド将軍は身を差しだしても地球に危害を加えないとは思えない」
同族も信頼できなければ、地球人も信頼できない。
との言葉に牧師は「ならまずはあなたが信頼してみては？」と諭す。
軍の前にスーパーマンの姿で現れるクラーク。
ロイスを出せと、拘束され、尋問を受けるスーパーマン。
自分は敵じゃないと言い、自らをゾッド将軍の元へ。
しかしゾッド将軍はロイスも差し出せと、ロイスも同行することに。
宇宙船に乗せられたスーパーマンとロイス。
スーパーマンは隙を見てロイスにキーを渡す。
事前にマスクを付けられたロイスは大丈夫だったが、宇宙船の中はクリプトンの環境にされており、それに順応できないスーパーマンは異常に気付いた時には手遅れで意識を失ってしまう。
気を失ったスーパーマンの意識の中に入り込んだゾッド将軍はコーデックスを渡せと。
当然スーパーマンはそのことについては知らず、
目を覚ました時に無理矢理血液を採取されてしまうスーパーマン。
一方、倉庫に閉じ込められたロイスは、そこでキーの差し込み口を発見。
そこにキーを差し込むと、ジョー＝エルの意識が具現化されたビジョンが現れ、同時に船の管理権をジョー＝エルが使役。
ロイスに、ゾッド将軍を倒すためのファントムゾーンを作れ、と指示。
ロイスを導き、脱出ポッドへ。
しかしそこにゾッド将軍の仲間が。脱出ポッドを破損させられ、なんとか脱出するも脱出ポッドの制御を失ってしまう。
ジョーはスーパーマンに「お前ならみんな救える」との言葉をかけ、ロイスの元へ送る。
間一髪でロイスを救出したスーパーマン。
一方では地球にゾッド将軍と仲間2名が飛来。
クラークの実家へ、マーサにコーデックスの有りかを問い詰め、クラークが乗ってきた船を発見。
しかしそこにコーデックスは無く、さらに在処を問い詰めていた所にスーパーマンが。
母に迫るゾッド将軍に怒り、ゾッド将軍がつけていたマスクを破壊。
スーパーマンがクリプトンの大気に慣れていないのと逆に、地球の大気に慣れていないゾッド将軍は、力の制御が保てなくなり、船へ引き返す。
そこでゾッド将軍の仲間2名との格闘の末、何とか追い払うことに成功。
スーパーマンの元に駆けつけたロイスは、ゾッド将軍を倒す方法が分かったと。
それはスーパーマンが乗ってきた小型宇宙船を使ってファントムゾーンを作り、そこにゾッド将軍らを吸い込ませるというものだった。
一方でゾッド将軍はスーパーマンから採取した血液を調べ、コーデックスはスーパーマンの体内の細胞にあることを知り、スーパーマンを殺して手に入れる作戦に出る。
そしてゾッド将軍はまず地球をクリプトンと同じ環境にすべく、宇宙船を使い、地球を改造。
しかしそうなると当然クリプトンに対応できない地球人類は死に絶えてしまう。
ニューヨークの真ん中で重力を操り、街を破壊しながら環境変化の実行に出るゾッド将軍。
スーパーマンはニューヨークの裏のインドにも環境変化のために設置された宇宙船を壊すべく、インドへ向かい、ロイスを含めた軍はニューヨークへ。
色々な挑戦を試みるも、人類の科学では歯が立たず、どんどん破壊されるニューヨークと逃げ惑う市民達。
インドに向かったスーパーマンも宇宙船が発するクリプトンの力に順応できず、本来の力が出せない。
しかしなんとか宇宙船を破壊。ニューヨークでの異常は収まった。
そしてロイスとクラークが乗ってきた宇宙船を載せた軍用飛行機で、ニューヨークにあるゾッド将軍の宇宙船へ。
しかしそこにゾッド将軍の仲間が。
ここも間一髪で襲撃を避け、クラークの宇宙船をゾッド将軍の宇宙船の上に落とし、ファントムゾーンを発生させることに成功。
落ちるロイス、駆けつけるスーパーマン。吸い込まれるゾッド将軍の仲間達。
そして地上へ無事生還したスーパーマンとロイスは熱いキスを交わす。
しかしそこには一人たたずむゾッド将軍の姿が。
クリプトンの為に身を捧げ、仲間も居なくなった自分は存在する意義が無くなった、お前のせいだ！とスーパーマンに襲いかかる。
対抗するスーパーマン。ニューヨークの中で激しい戦いが始まる。
