カル＝エルはクラーク・ケントと名付けられ、カンザスの農家で育ち、小学校に通っていた。
授業中、異変を感じたクラーク。
周りの同級生や教師の様子がおかしい。見る者全てが透けて見え、先生の内蔵まで透過して見えてしまう。
パニックになったクラークは教室を飛び出し、倉庫に逃げこもってしまう。
教師はクラークの里親である母、マーサ・ケントを呼び出し、倉庫にこもったクラークに語りかける。
クラークはマーサの言葉を聞き、何とか精神を安定させ、不思議な症状を抑えることができた。
その後、通学バスに乗っていたクラーク。
同級生にちょっかいを出されるも相手にしないクラーク。
すると次の瞬間、バスのタイヤがバースト。
操縦の自由を失ったバスは対向車を避けるように橋から川へ転落。
沈んでいくバスが急に上昇。近くの岸辺まで運ばれる。
その当事者がクラークであることが数人の同級生に目撃され、その保護者がクラーク宅へ。
クラークが起こした不思議な出来事はこれだけじゃないと真実を問われるが、クラークの母マーサはそれを受け流す。
外では自分が起こした事により悩むクラーク。
里親の父であるジョナサン・ケントはクラークに「自分の秘密は守れ」と。
クラークは「助けちゃダメだったの？ああするしかなかった。見殺しにも出来ないし、何が最善だったの？」と混乱。
しかしジョナサンはクラークの秘密を世の中の人が知れば世界が混乱してしまい、皆がクラークを恐れ、遠ざけてしまう と。
クラークは自分の不思議な力についてジョナサンに問いただす。
ジョナサンはついに告げるときが来たかのように倉の地下に隠してあった、クラークが乗ってきた宇宙船を見せることに。
そこでジョナサンは一緒にあったキーをクラークに渡し、クラークはこの宇宙船に乗ってきた。クラークは地球外からやってきた特別な存在だと。私の息子であることは当たり前だが、クラークには別の父親もあり、別の名前もある。
クラークが地球にやってきた意味がある。その意味をこれからずっと突き止めなければならないとクラークに諭すジョナサン。
現代に戻り、クラークは偽名を名乗り、酒場で働いていた際に「アメリカが”何か”を発見した」と軍人達が話しているのを耳にした。
そして舞台は北極。
軍内で雑用係として潜り働いていたクラークはやはり偽名を名乗り、取材にやってきたデイリー・プラネットと言う新聞社で働くロイス・レインと出会う。
そこでの取材で発見した”何か”は、約2万年前のものである可能性がある。と。
そして夜。
クラークは自ら氷山の中にうもれる”何か”を目指して掘り進んでいく。
そんなクラークを見つけたロイスもクラークを追って氷山の奥へ。
そこでクラークは巨大な宇宙船を発見。
乗り込み、ジョナサンから受け取ったキーを宇宙船に差し込む。
すると尾行してきたロイスが宇宙船の保護システムに干渉してしまい、警備システムに襲われる。
駆けつけたクラークによって助けられ、負傷したロイスに手当をし、その際に気を失ってしまったロイスを置いてクラークは宇宙船を操縦して行方を眩ます。
ロイスは早速会社に戻り、そのことを記事にしたいと編集長に持ちかけるが「そんな得体の知れないものは載せられない」と断られ、予てからロイスがバカにしてたゴシップサイトにたれ込みを計る。
宇宙船ではクラークが意識が具現化されたジョー＝エルのビジョンによって、惑星クリプトンの歴史や、ゾッド将軍、そして一番聞きたかった自分のこと、自分の名がカル＝エルであったことについて知ることが出来た。
そこでエル家に引き継がれている”S”は”希望”と言う意味の家紋であることを知り、同時にスーパースーツを受け継ぐ。
自らの力を解き放てと、クラークは今まで抑えてきた力を一気に解き放ち、ついに空を飛べるようになる。
ロイスはクラークを追い、今までクラークが暮らした土地を巡っていた。
そしてクラークが育った農家までやってきて、そこでクラークと再会。
クラークに取材を試みるが、クラークは自分の素性は明かせないと、ジョナサンの墓の前で過去について語り出す。
