一人の警官が上の階へ行くと、そこには壁に拘束された一人の男が。
警官が恐る恐る近づくと、なにやら背後に気配を感じ、振り向くとそこにはバットマンの姿が。
警官は慌てて発砲するが、簡単に交わされ、バットマンはどこかへ。
その後、拘束されていた男を見ると、首元にコウモリ型の焼き印が。
翌日。
バットマンの秘密基地バットケイブには、昨夜の一件で収穫を得られなかったブルースと、バットスーツの改良に励むアルフレッド。
ブルースが探しているのはアナトリと言うロシア人の男。
アナトリは武器売買や人身売買など、ゴッサムシティを中心に活動している。
昨夜の男は売春目的の人身売買をしているただの人違いだった様。
一方、レックス・コープと言う会社では、社長のレックス・ルーサーと言う男の元に上院議員のフィンチ議員が訪ねてくる。
ルーサーの研究所には、ニューヨークでの事件の跡から見つけたクリプトン人のワールドエンジンの残骸があり、それを研究した結果、残骸は放射性の鉱石で、そのサンプルを軍の研究所に送り、軍の研究所にあるゾッド将軍の死体に触れさせると、生物分解と細胞の減少が見られ結果、鉱石はクリプトン人にとって驚異であることが分かった。
鉱石の名はクリプトナイト。
これは地球人の最終兵器だと言うルーサーは、この鉱石と同じ物質をインド洋の海底で大量に見つけたが、放射性物質なので国内への輸送を許可してくれとフィンチ議員にお願いするルーサー。
だが、そんなものが必要なの？と問うフィンチ議員。
もしまたクリプトン星人みたいなヤツ等が攻めてきても、兵隊を送ること無く対抗することが出来る。
そしてそれは他のメタヒューマンに対しても効果があるかも知れない。
今必要無くても、もしもの時に怪物達の情けに甘えなくても済むと言うルーサー。
ルーサーがメタヒューマンという存在に気付いていた事に驚く議員。
その頃、街では立派に建てられたスーパーマンの銅像を見つめる、一人の両足を失った車椅子の男が。
男はあの時ビルの瓦礫の下敷きになっていたウォレス。
ウォレスは銅像に近づき、手だけで銅像によじ登り、近くの警官の制止を無視して、銅像に大きく「偽りの神」と落書き。
それはすぐにニュースで取り上げられ、そのニュースを働くデイリープラネット社で見たクラークとロイスはなんとも言えない表情。
一方ルーサーは、米国議会の別の議員と手を組むことに。
その条件としてルーサーはニューヨーク事件の後、ニューヨークにそのまま留置されているクリプトンの宇宙船と、保管されているスーパーマンに殺されたクリプトン人であるゾッド将軍の死体の調査を申し出て、公式に厳重管理されたニューヨークの保管施設へ出向く。
ルーサーは施設内でゾッド将軍の死体の指にクリプトン人に有害なクリプトナイトを当て、メスのように使って指紋を剥ぎ取る。
その夜、ルーサーの自宅を訪れたフィンチ議員は鉱石の輸入は認められないと突き放すかのように告げる。
そんなフィンチ議員を苛つかせるように振るまうルーサーに、「おしっこをお婆ちゃんのピーチティーと呼ぶのも、殺人兵器を抑止力と呼ぶのも勝手だが、私は騙されない」と。
そしてルーサーは意味深に「父から譲り受けたこの部屋の模様替えをしたい。あの画とか」と言い絵画を指差す。
絵画には空には天使、地には悪魔が描かれているが、ルーサーは「あの画は逆だ。悪魔は地からではなく空からやってくる」と。
そしてロイスはアフリカで手に入れた銃弾を調べるためにワシントンDCへ。
ワシントンDCでスワンウィック将軍と再開。
スワンウィック将軍に銃弾の事を告げ、真実を知りたい！と訴えるが、相手にされないロイス。
一方、ブルースは悪夢にうなされる日々の中、ブルースがずっと追っていたアナトリを調べるとルーサーとの繋がりが分かり、丁度ルーサーのパーティに招待されていたこともあり、堂々とルーサーを調査することに。
会場に着くと、流石のウェイン・インダストリーズの社長。記者が群がる。
と、丁度同じくデイリープラネットの記者として取材に来ていたクラークはそこでブルースの事を知る。
そしてパーティが開かれ、ルーサーのひょうきんなスピーチの中、ブルースは一人の女性と目が合う。
しかしブルースの目的は別にあり、すぐに行動に移る。
無線でアルフレッドと通信しながら、アルフレッドの指示である場所へ。
と、一人だけその通信の声に気付くクラーク。
ブルースが向かった先はルーサーが管理しているコンピュータのサーバールーム。
誰にも見つからないように機械を取り付け、一旦会場に戻る。
そこでクラークから取材を受けるブルース。
クラークはバットマンの最近の行動で市民が恐怖に怯えていることについて聞くと、デイリープラネットは赤いマントの男（スーパーマン）が子猫を助ける度に一面で扱うが、あのエイリアン（スーパーマン）は地球を破壊している。スーパーマンこそ止める必要があると言うブルース。
お互いの意見は真っ向対立。
と、そこにルーサーが割って入る。
挨拶を交わし、良い雰囲気で会話をするルーサー。
そこにアルフレッドからブルースにデータの転送が完了しました、と通信が入る。
そこで席を外すブルース。
当然その会話も聞こえているクラークはブルースの後を追う。
が、途中でテレビのニュースに気付くクラーク。
そこには大火事で逃げ遅れた少女がいるというニュース。
クラークはブルースを追うことを止めて、少女の救出に向かう。
一方ブルースがサーバー室に戻ると、そこに仕掛けてあった機械がなくなっており、辺りを見渡すと、会場で目が合った女性が。
女性を追うが、車で逃げられてしまう。
そして少女を救出したスーパーマンは市民から神のように崇められる。
世界ではスーパーマンの在り方を議論するようになり、政治的観点で語るべきでは無い、国際法でスーパーマンの行動を規制すべきだと、意見は真っ二つ。
その後、スーパーマンの銅像に落書きをして留置所に入れられていたウォレスが釈放。
保釈金を払ってないのに？と疑問を持ちながらも自宅に帰ると、そこにはルーサーの姿が。
ルーサーはウォレスに自立の手伝いをさせてくれと、自動車椅子を差し出す。
そしてウォレスはフィンチ議員を訪ね公聴会への証人としての参加を直訴。
一方、デイリープラネット社では勝手にバットマン関連の取材をしていたクラークが編集長からバットマンの記事なんて誰も読まないとお叱りを受ける。
と、そこに郵便が。
郵便の中身はバットマンを批判する記事と、バットマンから仕打ちを受けた人達の写真が同封されていた。
それを見たクラークは会社を飛び出す。
そしてルーサーのパーティでブルースから逃げた女性はある博物館へ。
そこに待ち構えていたように現れるブルース。
女性の名はダイアナ・プリンス。
ダイアナもルーサーを追っており、自分が写った写真を取り戻そうとしていると言う。
機械は借りただけ、とすぐにブルースに機械を返すダイアナ。
バットケイブに戻ると直ぐに盗ったデータの解析を行うブルース。
と、場面は突然砂漠地帯へ。
部隊用のスーツを着たバットマンは、部隊に「あの石を手に入れたか？」と、トラックの荷台の中へ。
そこに置かれた箱の中身を見ると、そこには石はなく、仲間と思っていた兵隊に銃口を向けられるバットマン。
そして銃撃戦が。
バットマンは止めようと応戦するも、ついには捕らえられてしまう。
気がつくと両手は拘束され、目の前にはスーパーマンが。
スーパーマンは無言のまま、同じく捕らえられていた兵士を熱戦で焼き殺す。
そしてバットマンのマスクを剥ぎ取り、「彼女は全てだった。それをお前が奪い去った。」とスーパーマンはバットマンの胸に手を当て力を入れると、バットマンはその激痛に叫び声を上げる。
と、目が覚めるとそこはバットケイブ。
すると解析に使っていたコンピューターの中からマスクマンがブルースに向かって「ロイスが鍵だ。キミは正しかった。僕達を探せ！」と告げて消え、さらに夢から覚めたように起きるブルース。
さっきまでの光景が全て夢だったかのように、なんだったんだ？と辺りを見回すも、そこは何の変哲も無い さっきまで居たバットケイブ。
と、コンピュータを見ると解析完了の文字が。
早速解析したデータを調べると、ルーサーはクリプトン人の力を弱めることの出来る鉱石クリプトナイトを運んでいる事が分かった。
それを盗むと言い出したブルースにアルフレッドは、盗んで破壊するのですね？と聞くが、ブルースはすぐに否定。
「戦争になります」と忠告するアルフレッドに「先に戦争を仕掛けたのは赤いマント（スーパーマン）だ。2年前の事件で何千人も死んだ。次はどれだけ犠牲が出るか分からない。敵になる可能性が1%でもあれば敵になる。俺が倒す」と言うブルースに尚もアルフレッドは「彼（スーパーマン）は人類の敵ではない」と言うが「今はな。ゴッサムで20年。絶対があったか？」と決意は固いブルース。
一方、ワシントンDCのロイスは尚もスワンウィック将軍に訴え、アフリカで手に入れた銃弾を託す。
そしてバットマンはルーサーが雇っていた輸送部隊の潜伏先に奇襲。
バットモービルを駆使して激しいカーチェイスを繰り広げ、輸送車に発信器を取り付けることに成功。
と、そこにスーパーマンの姿が。
バットモービルが止められ、コクピットがこじ開けられる。
「もう出しゃばるな。バットマンは死んだ。終わりだ。今回は見逃す」と言い去ろうとするスーパーマンに「お前に血は流れるのか？」と問うバットマン。
その質問には答えずに去って行くスーパーマンに「流させてやる」とつぶやくバットマン。
クラークはそのまま故郷の母親の元へ。
母親のマーサは公聴会へ出るか迷っているクラークに「ヒーローになりなさい」「でもこの世界に借りはないからならなくてもいいわ」とクラークに諭す。
一方ワシントンDCではスワンウィック将軍が秘密裏に調べた結果、アフリカでの一件は、何者かがスーパーマンに罪を着させたと。
銃弾はレックス・コープが製造したものだと分かり、ルーサーは砂漠に傭兵部隊を持っていることも分かった。
部族の中で内乱を意図的に起こしたのはルーサーの傭兵部隊だった。
そして米国議会ではついに公聴会が。
テレビのインタビューを受ける証人のウォレスは「ヤツはヒーローなんかじゃない！」と怒りを露わにする。
そして満を持して現れたスーパーマンに、まさか本当に来るとは、と周りは驚く。
そして建物の中へ入っていくスーパーマン。
いよいよ議会は開かれ、フィンチ議員の挨拶から始まり、フィンチ議員がふと目の前に置かれた飲み物を見ると、それは見慣れないビン。
フィンチ議員はそれが引っかかり、何かを思い出すように、まさか･･･とビンを寄せると、ビンには”お婆ちゃんのピーチティー”と書かれたラベルが。
それを見たフィンチ議員がルーサーの席を見ると、そこは空席。
と、次の瞬間、ウォレスの乗っていた車椅子が大爆発。
その爆発は議会の建物全体を巻き込む程の大きな爆発で、辺りは騒然。
燃えさかる建物の中で悲しみに暮れるスーパーマンの姿。
その晩、ブルースは輸送車の発信器を元にルーサーの研究所を見つけ、研究所を襲撃。
ルーサーが駆けつけた時には研究所はボロボロ。
鉱石クリプトナイトも奪われてしまっていた。
その後、あの場に居たのに何も出来なかった事を悔やむスーパーマンに、その胸の記号は希望を意味してると慰めようとするロイスに「僕の故郷ではそうだが、その故郷はもう無い」と言って去って行く。
その頃、研究所を無茶苦茶にされたルーサーは、ゾッド将軍から採取した指紋を使ってクリプトンの宇宙船に入り、コマンドキーを挿し直して宇宙船を起動。
クリプトンの情報を勉強し、宇宙船内にゾッド将軍の死体を持ち込み、宇宙船の機能を使ってゾッド将軍のトランスフォームプログラムを実行。
一方、ブルースは対スーパーマンに向けてトレーニングと、ルーサーの研究所から奪った鉱石クリプトナイトを使った兵器の開発に没頭。
と、パーティの時にルーサーのサーバーから奪ったデータを見直すと、そこにはメタヒューマンと書かれたフォルダが。
開くとさらに4つのロゴが描かれたフォルダが。
その中のWと書かれたフォルダを開くと、そこにはダイアナの姿が写った画像が。
そしてもう一枚古い写真が。
そこには1918年と書かれた白黒の写真に、まさしくダイアナの姿が。
そしてブルースはアルフレッドから勝ち目はないと言われるが、今俺がやるべき事はこれしかないと、自らバットシグナルを照らし、ついに戦いを始める。
シグナルを遠くのビルから見ていたルーサーは、傭兵のアナトリを使ってロイスを拉致。
屋上でスーパーマンを呼ぶにはこれが一番手っ取り早い、とロイスをビルの屋上から突き落とす。
と、すぐにスーパーマンが駆けつけ、ロイスを救出。
ロイスを地上に置いて、すぐにビルの屋上へ向かい、ルーサーに刑務所に入れと言うが、ルーサーは自分の父親からの虐待のコンプレックスから、スーパーマンを否定し、イカサマ野郎だって事を全国民に知らせてやると。
そのために2年間準備をしてきた。
黒対赤、神対人間、光対闇、クリプトン星人対ゴッサムのコウモリの世紀の対決を。
私が戦うと思うか？とすまし顔のスーパーマンに、ある写真を足下にばらまく。
写真には、拘束され額には魔女と書かれたマーサの姿が。
怒り、ルーサーに向かおうとするが、ルーサーは居場所を知らず、ルーサーを殺したらマーサは死ぬ。どこかへ探しに飛んでいっても死ぬ。
唯一マーサを助ける手段はバットシグナルの元に居るバットマンを殺すこと。
有余は1時間を切っている。
コウモリを殺して汚れた神の姿を世界が目撃する！とルーサーは言い、ヘリコプターに乗ってどこかへ。
その頃、ニューヨークの中心部では、留置されていたクリプトンの宇宙船から稲妻のようなエネルギー派が絶えず放出され、辺りはパニック。多くのテレビ局がニュースで報道していた。
そんな中、スーパーマンはゴッサムに行ってバットマンに協力を求めるが、死なせずには居られない。善人では居られない･･･とロイスに告げてゴッサムへ。
一方、ダイアナはブルースに遅れたが、やっとルーサーのデータを解析することができ、その中から自分以外のメタヒューマン「フラッシュ」「アクアマン」「サイボーグ」の存在を確認。
そしてロイスは直ぐに会社へ戻り、編集長に掛け合うと、ロイスの危機迫る雰囲気を察し、移動手段としてヘリを手配。行き先はバットシグナルの元。
そのシグナルの元では、ついにバットマンとスーパーマンが拳を交えようとしていた。
スーパーマンは、話を聞いてくれ、これはルーサーの罠だと言うが、バットマンは聞かずお構いなしにスーパーマンに戦いを挑む。
が、しかしスーパーマンの圧倒的な力には敵わず、バットマンはついに追い詰められてしまうが、隙を突いてクリプトナイトを粉塵にしたものをスーパーマンに浴びせると、急に脱力感に襲われ、まともに立てなくなってしまうスーパーマン。
ここから形勢逆転と言わんばかりに、スーパーマンの力は弱まる。
そしてバットマンの攻撃が効くようになり、人間の勝ちだと逆にスーパーマンをボコスカと追い詰める。
も、劇的な回復力と根性でバットマンと抗戦するスーパーマン。
そこで再度、粉塵クリプトナイトを浴びせ、スーパーマンを押さえつけ、さらにクリプトナイトで作った槍を手にするバットマン。
その矛先がスーパーマンに向けられた時、スーパーマンは「お前のせいでマーサが殺される･･･」と訴える。
マーサと言う名を聞いて、バットマンは自分の母親を思い出す。
バットマンであるブルースの母親の名もまたマーサであり、さらにスーパーマンは「マーサを救うんだ･･･」と訴える。
ブルースは母親を失った悲しみを思い出し、スーパーマンへの攻撃を止める。
そこにロイスが駆けつけ、これは全てルーサーが仕組んだ罠だと知ったバットマンはスーパーマンを宇宙船に向かわせ、マーサは私が助けると約束。
ロイスはスーパーマンの力が弱まってしまうクリプトナイトの槍を近くの深い水たまりに捨てる。
一方、アルフレッドの完璧なサポートもあり、アナトリを倒して見事マーサを救出するバットマン。
そして宇宙船の中に入り込んだスーパーマンは、そこでルーサーと出会う。
ルーサーがアナトリに通信をすると、その先からはバットマンの声が。
驚くルーサーだが、そこでルーサーの奥の手が。
神を殺せるのは、悪魔しか居ないと、トランスフォームプログラムで改造されたゾッド将軍改め、ドゥームズデイが生誕。
