そこに居る恐竜はインジェン社が遺伝し配合を組み替えて新たに作り上げたインドミナス・レックス。
Tレックスをベースに新たに開発し、客の満足度を上げるために、複数の動物の遺伝子を組み込み、より最強に。
公開前だが、既に一人の飼育員の腕を噛み千切ったと、かなりの凶暴性を、いかに管理するかで、クレアは全力を注いでいた。
一方、ラプトルを飼育している施設では、オーウェンという男が見事にラプトルを調教。
オーウェンは元軍人で、ラプトルの行動を研究。
この施設に居るラプトルを卵から孵る瞬間から見ており、ラプトル等に自らをリーダーだと教え込ませ、ラプトルにブルー、デルタ、エコー、チャーリーと名付け、手なずけることに成功。
それを見たパークのセキュリティリーダーのホスキンスはオーウェンを賞賛。
ラプトルを操れるようにもっと追求するべきだと。
しかしオーウェンは、今日はたまたま上手く行っただけだとそれを拒否。
と、そんな言い争いをしてる中、新入りの飼育員が誤ってラプトルの檻の中に落ちてしまう。
現場が騒然とする中、ラプトルに囲まれる飼育員。
オーウェンはすぐに檻を開けて中へ。
ラプトルに語りかけながら、襲うのを阻止。
その間に飼育員を外に出し、扉が閉まるのと同時に脱出。
ギリギリで難を逃れる。
一方、パーク内にあるアトラクションを遊び回るザックとグレイ。
その後、オーウェンを訪ねるクレア。
ラプトルを手なずけたと聞いたクレアはオーウェンにインドミナス・レックスの檻について助言を貰いたいと。
そしてインドミナス・レックスの檻に来たオーウェンはインドミナス・レックスについて色々聞く。
インドミナス・レックスはTレックスがベースで頭が良く、当初は二頭居たが、片方が捕食してしまったと。
姿を見るためにクレーンでエサを下ろすが反応がない。
サーモグラフィカメラでも姿を捕らえられない。
と、オーウェンが壁を見ると、無数のひっかき傷が壁の上に伸びている。
それを見たクレアは血相を変えて施設を飛び出し、車で管理室へ。
管理室へ電話をして警戒態勢を指示。
オーウェンは監視員達と共にインドミナス・レックスの檻の中へ。
壁のひっかき傷を見てインドミナス・レックスの驚異を知る。
一方、クレアはインドミナス・レックスには位置情報を得るチップを埋め込んであることを思い出し、管理室にインドミナス・レックスの位置確認を要求。
するとインドミナス・レックスは檻の中に居るとの返答が。
そんな檻の中に居るオーウェン等。
そこに管理室から緊急無線が。
それを聞いたオーウェン等は必死で走り出すが、目の前には潜んでいたインドミナス・レックスの姿が。
なんとか逃れるも、半分空いた扉をこじ開けてインドミナス・レックスが檻の外に出てしまう。
オーウェンは何とか車の下に隠れ、車のガソリンパイプをナイフで切断。
身体に浴びせて、臭いでカモフラージュし、難を逃れるが、一緒に居た監視員二人はインドミナス・レックスに殺されてしまう。
その頃、ラプトルの檻に居たホスキンスはインドミナス・レックスの脱走を聞いてある場所へ電話。
電話が繋がると「チャンスだ」と一言。
その頃、乗り物に乗って恐竜のすぐ近くまで寄ることの出来るアトラクションに参加していたザックとグレイ。
ザックとグレイが出発した直後に管理室から、アトラクションの閉鎖の指示が。
ザックとグレイはそんなこと知らずに乗り物で広大な草原へ。
管理室に着いたクレアはすぐに警備班を出動させ、インドミナス・レックスの捕獲を指示。
そこに難を逃れてなってきたオーウェンはクレアに「実弾を使って殺せ」と指示。
しかし客が居る場を戦場にしたくないというクレアは麻酔を選択。
あれは恐竜じゃないと言うオーウェン。
その頃、インドミナス・レックスの足取りを追っていた警備班はインドミナス・レックスの発信器が反応する箇所へ。
すると、そこには肉片と共に発信器が。
警備班の一人がそれを持ち上げると、目の前にはインドミナス・レックスの姿が。
数十人で応戦するが、全く歯が立たず、次々と殺されている警備隊。
そしてマスラニ社長はインドミナス・レックスを作ったヘンリーの元へ。
何故あんなものを作ったとヘンリーに追求すると、あなたがより大きく、より恐ろしい恐竜を作れと指示したと。
あらゆる動物の優れた部分のDNAを配合し、作り上げた。
イカのDNAを使い、カメレオンのように身体の色を変え、カエルのDNAを使い、体温を調整できると。
と、乗り物アトラクションでは、それぞれの乗り物にアトラクション中止の警告が。
ザックは、それを聞いて落ち込むグレイを見て、もうちょっと探検しようと提案。
怒られるというグレイに、俺たちはVIP待遇のパスを持ってる!と、そのまま森の奥へ。
一方、管理室ではザックとグレイの存在を思い出したクレアは、管理室を飛び出してオーウェンに二人を探す助けを。
その頃ザックとグレイは森の奥へ。
そこで恐竜を観察していると、背後になにやら気配を感じ、振り返ると、そこにはインドミナス・レックスの姿が。
乗り物を操縦して逃げようとするが、ついにインドミナス・レックスに捕らえられてしまう。
強化パネルで覆われた乗り物も、インドミナス・レックスの爪で軽々と破壊される。
も、何とか隙を見て乗り物から脱出。
走る二人を追うインドミナス・レックス。
目の前には崖。その下は滝壺。
二人は決心し、滝壺へダイブ。
二人を見失ったインドミナス・レックスはどこかへ。
そして二人を探すオーウェンとクレアは、その道中でインドミナス・レックスによって殺されたであろう数々の恐竜たちを見て心を痛める。
インドミナス・レックスは孤独な檻の中で育ち、動物社会のなんたるかも知らないまま外に出た。
捕食の為ではなく、ただ殺し、食物連鎖の上下関係を学んでいる最中だと推測するオーウェン。
そしてザックとグレイは、ある施設にたどり着く。
そこは22年前に閉鎖されたジュラシック・パーク施設の廃墟。
そこでジープを見つけた二人は、昔、車を修理した経験を生かして、ジープを修復することに。
その頃、管理室にはホスキンスの姿が。
ホスキンスはマスラニ社長に、この事態を収拾させるにはこちらに任せろと。
しかしマスラニ社長は、我が社の規則に沿って対処すると、自らヘリコプターでインドミナス・レックスを襲撃に向かう。
ジープを修復できたザックとグレイはジープでその場を離れる。
二人を探していたオーウェンとクレアはそのジープのエンジン音を聞いて追いかけるが、既に二人は居ない。
と、そこにインドミナス・レックスが。
息を潜める二人だが、インドミナス・レックスの暴挙に猛ダッシュで逃げる。
と、そこにマスラニ社長のヘリコプターが。
ヘリコプターから銃撃でインドミナス・レックスを射撃するが、逃げるインドミナス・レックスは翼竜の居る施設の壁を破って中へ。
その中で暴れ回るインドミナス・レックスの開けた穴から飛び出す翼竜達。
何十匹もの翼竜がマスラニ社長のヘリコプターに向かって突撃。
操縦を失ったヘリコプターは墜落。
それを見たオーウェンとクレアは人々が隔離されている北部の施設へ。
その北部施設ではシェルターへの避難を促す緊急アナウンスが。
と同時にそこにやってくる無数の翼竜達。
逃げ惑う大勢の客に次々と襲いかかる翼竜。
と、そんなパニックの中でオーウェンとクレアはザックとグレイを見つけ、やっと再会。
一方、マスラニ社長を失った管理室ではホスキンスが指揮を執り、ラプトルを使ってインドミナス・レックスを狩る作戦を遂行しているとオーウェンが耳にする。
ホスキンスはオーウェンがラプトルを手なずけているのを見て、兵器として利用できる思惑を企んでいた。
そして作戦実行の間際に、ラプトルの檻にやってきたオーウェン達。
ホスキンスに中止を促すが、ホスキンスは作戦を強行。
色々考えた結果、オーウェンはホスキンスの作戦に乗ることに。
そしてインドミナス・レックスが落としていった自らの肉片をラプトル達に嗅がせ、陣を組んで追跡開始。
そして森の奥でインドミナス・レックスを発見。
と、初めてインドミナス・レックスを対面したラプトル達だが、ラプトル達の見る目線がオーウェンに向く。
オーウェンはそれを見て、インドミナス・レックスにはラプトルのDNAも?と考え「ボスが変わった…」と。
そして逆に襲われ、逃げるハメに。
するとラプトルの檻で待機していたクレアとザック、グレイ。
そこに血だらけの警備隊が。
それを見た3人は車で避難。
しかしそこには既にラプトルの手が。
走る車に襲いかかるラプトル達。
荷台に載ったザックとグレイの対抗もあって、なんとか逃れ、そこにバイクで追いついたオーウェンと本部へ。
が、本部はすでに撤退済みで、最後の部隊が研修データを持ち出している最中だった。
するとそこにホスキンスが。
ホスキンスはインドミナス・レックスは生物兵器だと熱弁。
と、そこにラプトルの姿が。
逃げ惑う中、ホスキンスはラプトルに襲われ、オーウェン、クレア、ザック、グレイの4人はラプトルの追撃を逃れつつ施設の外へ。
しかしついには囲まれてしまう。