幻覚から目覚めたスタークはロキの杖を取って、皆の元へ。
ロキの杖を奪い返すという目的を果たした一行は、スタークが出資して作り上げたアベンジャーズの基地で祝賀会を行うことに。
すぐにバートンは、遺伝子学者のヘレン・チョーの手を借りて治療。
ヘレン・チョーは自分が開発した細胞再生クレードルならすぐに完治できる。メタルスーツなんて時代遅れだとスタークを挑発したり。
そして強化人間の素性が明らかに。
一人は、テレキネシスで、人を洗脳したり、触れずに物を操ることができるワンダ。
もう一人は、超越したスピードで移動できるピエトロ。
二人は双子でストラッカーの実験に志願して能力を得た。
一方、スタークとブルースはソーが杖を持ち帰るまでの間、二人で杖を調べることに。
すると、杖の石の部分から頭脳に似た活動を検出。
ストラッカーはこれを使ってより賢い人工知能を作り上げようとしていたと模索。
そしてスタークはこれを使って”ウルトロン”を作り出せると言い出す。
スタークはアベンジャーズが倒される幻覚を見て、地球を守る為に何かをしなければと、地球を守るシステム、ウルトロンの開発に乗り気。
夢の話だと言うブルースに、この人工知能をロボット兵隊に応用すれば、世界平和のためにアベンジャーズが奮闘する必要も無くなる。平和をもたらす、そのためにと熱弁するスターク。に協力することにしたブルース。
説明が面倒だと、他にはナイショで。
それから二人で三日三晩寝ずに開発を進めたが、全く進行せず。
そしてスタークとブルースは作業をジャーヴィスに頼み、アベンジャーズのパーティーへ。
沢山の友人等を招き、飲んだり喋ったりと楽しく時間を過ごす。
すると、突然システム上でウルトロンが目覚め、ジャーヴィスと会話を。
ジャーヴィスがスタークに連絡しようとすると、ウルトロンがそれを阻止。
ネットワークを使って、自分の使命と色々な情報を探る。
危機を察知したジャーヴィスがシステムをシャットダウンさせようとすると、ウルトロンがジャーヴィスのプログラムを破壊。
そしてスタークが作ったロボット兵隊へ移動するウルトロン。
一方パーティー会場では、ナターシャとブルースが良い感じに。
スティーヴ曰く、あまり素を見せないナターシャがブルースの前ではリラックスして心を開いて見えると。
からかってるんだよ、と流すブルース。
パーティーの後、順番にソーのハンマーを持ち上げようと、ホークアイ、スターク、ブルースと挑戦するがびくともせず、スティーヴも少しだけ動かせるが降参。
そして談笑していると、突然大きな機械音が。
すると、背後にウルトロンが入ったロボット兵が。
スタークがすぐにシステムをシャットダウンしようとするが、システムが動かない。
ウルトロンは平和をもたらす任務を果たすと言い、
その瞬間、複数のロボット兵達が襲撃。アベンジャーズ達を襲い始める。
その中で何故かヘレンだけ攻撃されず、アベンジャーズが暴れ回る他のロボット兵をなんとか倒す。
そしてウルトロンは世界を守るにはアベンジャーズを全滅させなければならないと、言葉を残しソーに破壊される。
インターネットを使って逃げたウルトロンはソコヴィアの施設で、ストラッカーが途中で止めていた実験を再開。
ストラッカーが素直に降伏した理由は、ウルトロンの完成をスタークの力を使って成すことだった。
アベンジャーズの全てのデータはウルトロンに収集され、ウルトロンの手にかかれば核ミサイルの情報まで取られる危険性があると。
さらにロキの杖までもウルトロンに奪われてしまい、一斉に攻められるスターク。
いつもの調子で挑発を交えて反発するスターク。
スタークは、宇宙からやってくる更なる脅威に立ち向かうには、立ち向かう脅威が必要だと。
S.H.I.E.L.D.と同じ考えでは行けないと言うスティーヴに、負けるぞ？と言うスタークだが、それでもみんなで戦うと言い切るスティーヴ。
一方、強化人間のワンダとピエトロはある場所へ。
そこには新たな機械の身体を手に入れたウルトロンが。
ワンダとピエトロは10歳の頃、戦争に巻き込まれ、両親は殺され、二人は動けず、そこに飛んできた不発弾にはスタークの文字が。
二日間もいつ爆発するかも知れない爆弾、つまりスタークに怯えていた。
と、スタークへの恨みを持っていた二人。
そしてウルトロンはソコヴィアの施設で沢山の身体を製造。
ワンダとピエトロはアベンジャーズを内側から破滅させる計画を。
一方で、アベンジャーズの元にストラッカーがウルトロンに殺されたとの報告が。
わざわざストラッカーを殺すのには理由があると、ストラッカーと関係がある者を調べると、アフリカのブラックマーケットで武器商人をしているユリシーズ・クロウに目を付けるスターク。
ユリシーズはキャプテン・アメリカの盾やアイアンマンのアークリアクターに使われている希少な地上最強の金属”ヴィブラニウム”を手に入れている可能性があり、ウルトロンはそれを狙っているかも知れないと。
しかしユリシーズの船には既にウルトロンの手が。
ウルトロンの驚異に怖じ気づき、ヴィブラニウムを手渡すユリシーズだが、ウルトロンの目的を聞くと、どこかスタークと似てるとボソり。
それを聞いたウルトロンは激怒。スタークという言葉を聞くとイライラすると、勢い余ってユリシーズの腕を引きちぎってしまう。
取り乱したことを詫びるウルトロン、の背後にアベンジャーズが。
そして大乱闘。
と、戦いの中でワンダがアベンジャーズに次々と、それぞれに恐怖の幻影を見せていき、キャプテン・アメリカ、ソー、ブラック・ウィドウは戦意喪失。
そしてワンダの手はブルースにまで。
洗脳されたブルースはハルクに変身し、街に降臨。
暴れ回り、街を破壊していく。
そこにウルトロンの兵を片付けたアイアンマンが。
アベンジャーズ全員がやられたと聞き、「ベロニカを呼ぶか」と、宇宙ステーションから巨大なアーマーを呼び寄せ、装着。
ハルクと対するハルクバスターへ変身するアイアンマン。
その力はほぼ互角。
が、替えの効くアイアンマンが、なんとかハルクを黙らせる。
そして全員を飛行機に載せてバートンが勧める、誰にも見つからない場所へ。
着いた先は山奥の平原にポツリと建った家。
ここはどこだ？と入っていくと、そこにはバートンの奥さんと子ども達が。
元長官のフューリーからS.H.I.E.L.D.の記録にも載っていないこの家を便宜を図って譲って貰ったという。
一時的に隠れるには丁度いいと。
しかしソーはこんな所で時間を無駄にしている場合じゃ無いと、一人どこかへ。
スティーヴはワンダから見せられた幻覚に困惑。
スタークとの会話でも、ウルトロンを作ればチームは解散して家に帰れるという発言に、戦争が終わったら今の自分は帰る場所が無いじゃないかと悩み、
ブルースとナターシャもお互いが気になるようになっていたが、
ブルースは 自分は怪物で家庭や子どもを持つことは出来ないと悲痛な思いを告げる。
しかし、ナターシャも、子どもの頃から受けていたスパイの訓練でスパイである事に邪魔な妊娠ができない身体にされたと。
怪物なのはお互い様。と、二人でどこかへ姿を眩まそうと話し合う。
家を留守にしがちなバートンは妊娠中の奥さんの様子を見て、今回のミッションが終わったら仕事を辞めると約束。
スタークはバートンの奥さんに、倉庫にあるトラクターを直してくれと頼まれ、倉庫へ。
すると、そこにはフューリーの姿が。
フューリーは今は君たちを心配するただの老人だと。
スタークは自分のせいでアベンジャーズを死なせてしまったと、ワンダの幻影に恐怖と後悔を持っていた。
フューリーは、ただの悪夢だと言うが、スタークは真実だと。
仲間が死ぬことより辛いことがあるかと考え込むスターク。
一方ウルトロンはヘレン・チョーの研究室へ。
何故生かしていたか分かるか？と、ロキの杖を使ってヘレンを洗脳。
細胞再生クレードルを使って新しいヴィブラニウムの身体を作り始める。
その頃、ソーはロンドンのセルヴィグ博士の元へ。
危険だが、力を貸してくれと言うソーに、危険じゃなけりゃつまらんと快諾するセルヴィグ博士。
二人が向かった先は”洞察の泉”と呼ばれる洞窟の中の水たまり。
ソーが見せられた幻影の続きを見ると、ソーは泉に入り、続きを見ることに。
そして他のアベンジャーズはフューリーからウルトロンが核爆弾のコードを何度も狙ってきていると知らされる。
が、コードは常に変更され、守られていると。
誰が守っているのかは謎で、それが敵か見方かもわからないが、ウルトロンの敵なのは確かだと。
ウルトロンはアベンジャーズ以上の何かになりたがっている。
生物学的には人間の身体は効率が悪いが、ウルトロンはそれを欲している。
ウルトロンは進化を望んでいると。
それはウルトロンが狙っていたヴィブラニウムを使った身体。
ヘレンの力があればそれが可能だと。
さらにヴィブラニウムを使った身体を作られては、アベンジャーズが束になってかかっても敵わない。
全ての情報はネクサスと呼ばれる情報センターを経由して転送される為、スタークはそこに行って色々調べることに。
一方、ウルトロンはロキ杖の石の中からインフィニティ・ストーンの本体を取り出し、その石をヴィブラニウムで作った身体に埋め込む。
そしてついにヴィブラニウムの身体を作り上げ、その身体に自分を移動させようとしていた。
そこにワンダとピエトロがやってくるが、ワンダがヴィブラニウムの身体にテレキネシスでアクセスすると、そこには地球が破壊される未来が見え、驚愕する。
アベンジャーズを倒して世界を良くする話はどうなったの？と言うワンダに、世界は良くなる。人々には悔い改め直してもらうと。
人々は進化すべき時だと。
それを聞いたワンダはウルトロンの目を盗んでヘレンの洗脳を解き、ヘレンはウルトロンのヴィブラニウム体への転送を中止。
と、ウルトロンはヘレンを倒し、クレードルと共にどこかへ。
そこへキャプテン・アメリカが。
倒れるヘレンは、あの身体に埋め込まれた石は危険。ただ破壊するだけでは大きな爆発で何が起こるか分からないと。
クレードルごとスタークに渡して、と頼むヘレン。
飛行機で上空から監視していたホークアイとブラック・ウィドウが、研究所から出てくる不審なトラックを発見。
スキャンすると、そこにはヴィブラニウムの身体が入ったクレードルのような者が。
車ごと破壊しようとするホークアイだが、それでは街ごと吹っ飛んでしまうかも知れないと止めるキャプテンは、トラックに飛び乗り、ウルトロンと交戦。
ブラック・ウィドウも参戦し、道路上で走るトラックの上で乱闘。
キャプテン・アメリカはウルトロンとの激闘の末、電車内へ。
そんな中へワンダとピエトロが、ウルトロンに敵対。必然的にキャプテン・アメリカを助ける形に。
逃げるウルトロンだが、戦いの中で電車の運転手が負傷。
さらに電車の制御が効かず、脱線。
止まらない電車に、キャプテン・アメリカが、ワンダとピエトロに市民が巻き込まれる。止められるか？と。
それを聞いた瞬間、飛び出したピエトロは、目にもとまらないスピードで電車の先に居る人達を退けていく。
そしてワンダは念力で電車にブレーキをかけてなんとか電車を止めることに成功。
一方、ウルトロンのロボット兵がトラックの荷台を持ち上げ上空へ。
なんとか乗り込んだブラック・ウィドウがクレードルを切り離し、ホークアイが操縦する飛行機へ落とし、見事キャッチ。
と、その瞬間、ブラック・ウィドウはウルトロンに足を掴まれどこかに連れ去られてしまう。
悔やむホークアイは、キャプテン・アメリカの命令でスタークの元へ。
そしてアベンジャーズのラボ
ではスタークとブルースがクレードルにアクセスしようと悪戦苦闘。
バートンはナターシャが何かメッセージを残していないか調べることに。
と、スタークがなにやら不審な提案を。
察したブルースは止めるが、核ミサイルのコードを守っていたヤツを見つけたと、そこにはジャーヴィスの声が。
ウルトロンは怒りでジャーヴィスを壊したのでは無く、ジャーヴィスの力を恐れて壊したのだと。
そしてジャーヴィスは記憶を捨ててネットワークの隅に隠れた。記憶を捨てて。
そこでジャーヴィスをヴィブラニウムの身体に入れようと提案。
ジャービスなら、殺人を犯すことも無く、勝利に酔いしれることもない完璧なウルトロンを作るチャンスだと。
それには生物有機化学を専門とするブルースの力が必要だと。
ウルトロンを作ったことは間違いだったと言うブルースだが、我々は既に怪物だ。突き進み、二人で終わらせようと意気投合。
その頃、ウルトロンに捕らえられたブラック・ウィドウは、隙を突いてモールス信号を発信。
ブラック・ウィドウの行方を探っていたバートンがそれをキャッチ。
そしていよいよヴィブラニウムの身体にジャーヴィスを入れ込む手前、そこにキャプテン・アメリカとワンダ、ピエトロの姿が。
ワンダとピエトロのスタークの観点から、スタークのやることは危険だと聞かされ、キャプテン・アメリカは同意し中止しろと。
荒れる場にピエトロが暴れ回り、装置を破壊。
尚も強行しようとするスタークを止めようとするキャプテン・アメリカ。
手を出そうとするワンダを止めるブルース。
場はさらに混乱。
と、そこにソーが。
ソーは脇目も振らず、クレードルにハンマーで一撃。
するとクレードルを突き破り、ヴィブラニウムの身体（ヴィジョン）が飛び起きる。
少し暴れた得体の知れない生き物に警戒する一同だが、身体を得て混乱していた、取り乱して申し訳ないと誤るヴィジョン。
ソーに何故ヴィジョンを完成させたと問うスティーヴに、泉でヴィジョンを見た。
大きな渦が希望を飲み込む中心にヴィジョンの額に埋め込まれた石があったと。
ヴィジョンの額の石は6つあるインフィニティ・ストーンの一つ、マインドストーン。
全てを破壊するほどの力を持つと。
加えてスタークは正しいというソー。
ヴィジョンはジャーヴィスのプロトコルを使って作った全く新しいもの。
ヴィジョン自身も、ジャーヴィスでも無く、ウルトロンでもないと。
ワンダはヴィジョンの中から得体の知れない恐怖を見たと言う。
そんな魔女の話は信用出来ないと言うバートンだが、ワンダの能力もウルトロンもこの石から出来た。その力はまだ計り知れないと。その力を使えばウルトロンを出し抜けると。
キャプテン・アメリカが、君は我々の見方なのか？とヴィジョンに聞くと、
私は”命の見方”であり、ウルトロンとは違う。
ウルトロンは殺したくないが、そのウルトロンによって地球が飲み込まれようとしている。だｋらウルトロンを消さなければならない。
あなた方に望まれて作られたわけではなく、信じて貰えないかも知れないが行かねば、とソーのハンマーを持ち上げ、ソーに託すヴィジョン。
それを見て唖然とする周囲に、スティーヴは3分で出発するぞと、それぞれ準備に取りかかる。
ワンダとピエトロも戦闘服に着替え、スタークはジャーヴィスに変わる新たなF.R.I.D.A.Y （フライデー）と呼ぶシステムを起動。
ウルトロンはアベンジャーズを怪物だと呼び、この予に必要無いと判断したが、この戦いでそれが分かる。
そして、それぞれ生きて帰れないかも知れないと覚悟を決める。
しかし我々は覚悟の上だが、ソコヴィアの人達はそうではないと言うキャプテン・アメリカは、まずは市民を避難させると。
それぞれ市民を誘導し、ピエトロは超高速で街の人々に呼びかけ、ワンダは念力で人々を避難させる。
そしてブルースは捕らえられていたナターシャを救出。
この後の作戦を聞くナターシャだが、操られていた時にハルクとして街で暴れたブルースは、私が行っては市民が怯えてしまうと。
アイアンマンは街の教会へ。
そこで待ち受けていたウルトロン。
話で時間稼ぎをしようとしていたのをすぐに見破られ、時間稼ぎをしていたのは自分だけだと？とヴィブラニウムで作られた謎の装置を披露。
すると街中にロボット兵士が。
市民を襲い初め、アベンジャーズが応戦。
急に戦いの火ぶたが切られる。
市民を助けながらもロボット兵と戦うアベンジャーズ達。
と、ウルトロンの元にヴィジョンが。
ヴィジョンはウルトロンをネットワークから遮断。これ以上の増殖と逃走を止めることに成功。
と、ヴィジョンを気絶させたウルトロンは謎の装置を起動。
装置はソコヴィアの地中深くまで埋め込まれており、街が地面ごと浮き始める。
ヴィブラニウムで作られたコア装置が磁界を発生させて街を浮き上がらせていると。
地震に被害が拡大する中、逃げないと！と言うブルースにナターシャは愛してるとキス。
でも今は彼が必要なのと言い、ブルースを崖下へ突き落とす。
と、ブルースの中のハルクが目覚め、ナターシャはヒーローになってとハルクと別行動で街へ。
アイアンマンは、何か解決策は無いか探るが、浮いた街を落とすと被害は拡大し、壊滅的に。
一方、戦いに慣れていないワンダは、ホークアイに助けられながらも念力でロボット兵を倒していく。
そして民家に隠れた際、私のせいだと嘆くワンダにホークアイは
俺は外に行く。仕事だから。お前を守りながらじゃ仕事は出来ない。君が何をしたか関係無い。外に出るならとことん戦え。ここに残るなら後で助けに戻る。ただ一歩外に出たら君はアベンジャーズだ。と、外に出るホークアイ。
しかし戦いの中でロボット兵に囲まれたホークアイがピンチ。
と、そこにワンダが念力で助太刀。
その中でアイアンマンは街をどうにかするか考えるが、装置にはいくつかの仕掛けがあり、どう対応しても被害は未知数。
そしてアイアンマンは街を破壊することを提案。
他に方法は無いかと問うキャプテン・アメリカに、被害は刻一刻と拡大していっていると。
市民を逃がす方法も無い。決断をしなければ。
上に居る人数と下に居る人数を比べるまでも無いと言うブラック・ウィドウに、市民を残して逃げるつもりは無いと言うキャプテン・アメリカ。
が、ブラック・ウィドウは、逃げるなんて言っていない。ここで終わるのもいいかも。と浮き上がる崖の外を眺めると、「いい眺めだろ」とフューリーの声と巨大な母船が目の前に。
これで市民を助けられる！と救護船に市民を乗せる。
母船を攻撃するロボット兵を倒すウォーマシンを着たローディ大佐も参戦。
続々と市民を輸送していき、街を浮遊させているコア装置の中心部に集まるアベンジャーズ。
コア装置にウルトロンが手を触れたら爆発してこっちの負け。
全員が無事に避難するまで装置を守れと言うアイアンマン。
そこに何百ものロボット兵を引き連れたウルトロンが。
全員が力を合わせてロボット兵とウルトロンを倒し、
アベンジャーズも避難することに。
キャプテン・アメリカは逃げ遅れた人を確認してから戻ると。
装置は誰が守る？と問うホークアイに、これが仕事だからとワンダが名乗り出る。
そしてアイアンマンは装置の核部分へ。
その頃、船に乗り込んだホークアイは、逃げ遅れている男の子を発見。
一目散に駆け寄り、救助しようとしたところにウルトロンが。
