すると巨人は壁を蹴り始め、その巨人の行動で人々はパニック。
と、ついに壁に大きな穴が空いてしまう。
するとその穴をくぐって大小様々な巨人が壁の中へ侵入。
巨人は逃げ惑う人々を捕まえては食べる。
さっきまでの平和な街が一瞬にして地獄に。
エレン、アルミン、ミカサの3人は自宅を目指して全力疾走。
が、その間にも、目の前で人々が巨人に捕食されていく。
エレンとミカサは、人の流れに逆らえずバラバラに。
するとそこに巨人が。
エレンはミカサを助けようとするが、次にミカサの居た場所を見た時は既に血の海になっていた。
それから2年。
エレンとアルミンは調査兵団へ入隊。
ついに壁の外へ調査に出ることに。
同時に巨人によって崩された壁を塞ぐ作業にも出る事に。
巨人が眠っている夜を狙って車数台で。
と、そこで調査兵団のヒアナが子供の泣き声を耳にする。
他の団員の許可無く、鳴き声のする方へ。
それを見たエレンも追って。
建物の中に入り、鳴き声を探ると、そこには巨人の赤ん坊が。
赤ん坊がエレンとヒアナを見た途端泣き叫び、その声に寄せられて巨人達がどこからともなくゾロゾロとやってくる。
瞬く間に戦場となり、急の出来事で対応できない兵団は次々と巨人の餌食に。
するとそこに謎の二人組が。
二人は調査兵団の服装で、空中を滑空できる立体機動装置を使って軽々と巨人達を倒していく。
その一人は調査委兵団の中でも度々話題となっていた調査兵団最強と呼ばれるシキシマ。
そしてもう一人は、あのとき死んだと思われていたミカサだった。
ミカサも立体機動装置を使って次々と巨人を倒していく。
難を逃れた調査兵団はある場所に保管していた大量の爆薬を回収。
そんな中、エレンはミカサとの再会を驚きつつ喜ぶが、ミカサの隣にはシキシマ。
シキシマは「お前は家畜か？」とエレンに問い、シキシマのかじった林檎をかじるミカサ。
突然現れたミカサとシキシマ 二人の関係に困惑するエレン。
と、そんなエレンに近寄るヒアナ。
ヒアナはエレンを誘惑し、自分の胸をエレンに揉ませる。
動揺するエレンだが、その背後に巨大な目が。
そこには既に巨人の手が。
ヒアナはあっという間に巨人に食べられ、隣に居た調査兵団の男女カップルの男も餌食に。
と、その女の方が彼氏を食べられたことに発狂。
爆薬を積んだ車に飛び乗り、巨人へ突進。
せっかく回収した爆薬を全て台無しにしてしまう。
そんな中で、自分は家畜じゃない！としたエレンは立体機動装置を使って、巨人に猛攻。
何度目かのチャレンジと遠くのシキシマのアドバイスでやっと一体の巨人を倒すことに成功。
が、不意を突かれ、足を食べられてしまうエレン。
調査委兵団は撤退をしようとするが、アルミンが巨人に捕まってしまう。
と、それを見たエレンは這って巨人の元へ。
そんな這うエレンを見つめるだけのミカサは巨人を倒しにどこかへ。
と、飲み込まれる直前でアルミンを救出したエレンだが、その拍子に巨人に飲み込まれてしまう。
一点に集まった残りの調査兵団だが、本陣は既に撤退済み。
そこでアルミンがミカサにエレンは死んでしまったと、エレンが巨人に食べられた際に飛んできたエレンの腕を差し出す。
それを見たミカサは発狂し、飛び出して怒りの赴くまま巨人を倒していくが、途中で立体機動装置が故障してしまう。
と、そこにエレンを食べた巨人が。
絶体絶命の瞬間、その巨人の口の中から大きな手が。
