そこにシーザーが駆けつけ、「去れ！」と一喝。
集落に戻ったマルコム達はドレイファスにあったこと告げる。
が、その光景を見ていないドレイファスはまともに信じようとしなかったが、混乱を防ぐために他の住民達には口外しないようにと。
一方、猿たちの住処ではシーザーの右腕であるコバが「何故やり返さなかった」と詰め寄る。
それにシーザーは長年をかけて築き上げたこの住処を、そんな争いで失いたくないと。しかし行動を起こすことは必要だと。
猿たちの中ではシーザーは絶対。
コバも縛り付けられていた研究所からシーザーに救われたことから、その考えと行動に反する者は居なかった。
その後、シーザー達は100匹を越える数で人間の集落へ。
言葉を発する猿に驚く人間達にシーザーは
「猿たちは猿たちの住処に。人間達は人間達の住処に留まり、二度と近寄るな」と宣言。
そのまま去って行く。
驚く住民達をなだめるドレイファス。
しかし燃料不足は避けて通れない危機的状況に変わりは無く、追い詰められたマルコムは再び山奥へ行き話してみると。
3日の猶予が与えられ、もし3日後までに帰ってこなければ軍隊が残していった兵器を駆使して乗り込む計画となった。
そしてマルコムを筆頭に看護師で妻のエリー、息子のアレクサンダー、猿を撃ったカーヴァー、仲間のフォスター等と車で山へ。
途中、2時間で戻らなければ街へ戻れと言葉を残し、車を降りたマルコムが単身で山奥へ行くことに。
そんな山奥で猿たちに囲まれ、猿たちの住処へ連れて行かれるマルコム。
マルコムが話そうとするが、シーザーは 人は嘘をつく と聞く耳を持たない。
が、なんと話を通し、ダムの電力が必要だとシーザーに訴える。
シーザー達の住処を荒らさない。もし嘘をついたら殺しても良いと約束し、シーザー達に武器を預けることを条件にダム再建作業を合意。
研究所で人間に酷いことをされたコバは人間を憎むことしか出来ず、シーザーの行動に疑問を示すが、作業が終われば人間達は集落に戻る。
ここで争えば猿が何匹死ぬか分からない。と言うシーザー。
一方、マルコム等は山奥に作ったテントで明日の作業に備えていた。
武器も奪われ、殺されるかも知れないと怯えるカーヴァーに、殺すならとっくに殺してるだろうと、なだめる周り。
そして翌朝、不信感の消えないコバはシーザーに内緒で人間の集落へ偵察に。
そこで大量に備えられた兵器と、戦闘のシミュレーションをしている人間を発見。
その頃、マルコム等はダム再建の作業を開始。
その作業中マルコム達は施設の中に閉じ込められてしまう。
そこに監視をしていた猿たちがマルコム等を助ける。
猿等にお礼を言うマルコム。
するとそこに一匹の猿の子供が。
エリー等と戯れ、和む様子。
そして猿の子供が ある道具箱に近づこうとした瞬間、血相を変えて子供を追い払うカーヴァー。
その行動に驚き、威嚇する猿たちに、道具箱に隠していた銃を取り出し、猿等に銃口を向けるカーヴァー。
一触即発の中、マルコムの制止でカーヴァーから銃を取り上げるが、その一件でシーザーは直ぐにここを去れと。
その夜、マルコムとエリーはシーザーに謝るべく、猿の住処へ。
するとシーザーの家に通される。
その奥では衰弱したシーザーの妻が。
病気なのか？と心配するマルコムに、ここには来るなと言うが、看護師のエリーは、シーザーの妻を助けることが出来ると、為す術の無かったシーザーは藁をも掴む思いで、エリーは妻へ抗生物質を投与。
その行為で、あと1日だけ現場に残ることが許される。
そしてカーヴァーは車に軟禁。
ダムの再建が再開。
一方、人間の集落から戻ったコバは、シーザーにこれ以上人間の手助けをするなと楯突き、もみ合いに。
乱闘の末、シーザーに押さえつけられるコバ。
今にも首を絞められる所から「猿は猿を殺さない」とコバを解放。
そして翌日、コバは再び人間の集落へ。
武器庫へ行き、武器を入手。
そこに居た人間を銃で殺してしまう。
一方でマルコム達はダムの再建に成功。
電力が戻り、みんな揃って喜びを分かち合う。
そして完成までを共にしたマルコムとシーザーには信頼関係が生まれていた。
そんな中、車で電力の回復を知ったカーヴァーも喜ぶか、そこにコバが。カーヴァーは殺されてしまう。
そんな事もつゆ知らず、猿の住処に招待されるマルコム等。
共に最後の夜を感慨深く過ごす中、少しシーザーが席を外す。
すると目の間にコバが。
シーザーと目が合った瞬間、コバの放った銃弾がシーザーに命中。
崖から転げ落ちるシーザー。
立て続けにコバは住処に放火。
燃え上がる住処に、やったのは人間達だ！人間がシーザーを殺した！と。
シーザーの為に戦う！と猿たちを鼓舞。
マルコム等は仲の良かった猿のモーリスに誘導され、その場を逃れる。
電力の回復した人間等の集落では電力回復パーティーが。
しかしそれも長くは続かず、そこに猿の集団が。
コバを筆頭に猿が襲い来る中、銃で威嚇、猿を次々と銃殺する人間。
猿等は人間たちから奪った銃で応戦。
人間の集落を取り囲む塀を境に攻防戦が続く。
しかしついにその防戦も突破され、猿等は人間の集落に突入。
人間を次々と追い詰め、ある一角に監禁。
翌日。
モーリスに逃がしてもらえたマルコムとエリー、アレクサンダーの3人は山奥で倒れていたシーザーを発見する。
衰弱する中、自分の家族の安否を心配するシーザー。
シーザーを撃ったのはカーヴァーの仕業だと思っていたマルコムだが、シーザーはそのことを否定。やったのは猿だと。
手当てをしなければと車に運ぶことに。
一方、人間の集落ではコバの強制的な人間への当てつけが続いており、コバの支配的な命令で他の猿を指揮。
シーザーはこんなことを望まないと、シーザーへの忠誠が取れない者はバスへ監禁され、ボスは俺だ！と呼応するコバ。
そして弱り切ったシーザーを乗せた車はサンフランシスコの街へ。
するとある場所でシーザーが騒ぎ出す。
そこはもう何年も人が住んだ形跡も無い一軒家。
家に入り、1階のソファーに寝かされるシーザー。
何故ここなのか疑問に思うマルコム等だが、アレクサンダーが見つけた写真に写っていたシーザーを見て、昔シーザーはここに住んでいたことを知る。
そこはシーザーを育ててくれたウィルの家だった。
そして手当が必要なため、マルコムは集落への潜入を。
一方、シーザーに忠誠を誓ったモーリスはバスで監禁。
そこにコバ側に着いていたシーザーの息子のブルーアイズが。
コバにもモーリスにも父親同然に育てられたブルーアイズに、モーリスは自分の考えを尊重しろと助言を伝える。
さらにコバの独断に不信感が募ってきたブルーアイズ。
そこにマルコムが。
猿たちに見つからないよう、手術道具を手に入れ、こっそりシーザーの元へ帰ろうとしたとき、ブルーアイズとばったり出会ってしまう。
銃を持ったブルーアイズはマルコムを見逃して去って行くが、マルコムはブルーアイズに「君の父親は生きている」と。
家に戻ると、一緒に着いてきたブルーアイズを見たシーザーは妻と弟は無事を確認し、再会を喜ぶ。
そこで全ての発端はコバの仕業であることを知ったブルーアイズはシーザーの力になると、コバへの報復を計画。
そしてシーザーはエリーから手当を受け、後はシーザーの回復力次第だと。
それから2日後。
歩けるまでになったシーザーは家の二階でビデオカメラを発見する。
そこには幼き頃のシーザーと、シーザーに言葉を教えようとしているウィルの姿が映っていた。
そこにマルコムが。
ビデオの人物が誰なのか聞くと、「良い人。貴方みたいに」と。
すると窓の外に大勢の猿たちが。
ブルーアイズの手によって、コバ派から解放されたシーザー派の猿たち。
その流れで、人間等も解放されていた。
シーザー等はコバ派に見つからないよう、マルコムの指導で地下を通り集落へ。
するとそこで他の人間とばったり会ってしまう。
マルコムのファインプレイでなんとかシーザー達を隠し、そこで別れ、シーザー等を裏から集落へ向かわせることに成功。
そして集落のタワー地下で監禁から解放されたドレイファス等と合流したマルコムは、ドレイファスがを上のタワーを占拠している猿たちを爆弾で一網打尽にしようと計画していることを知り、驚愕する。
そして時機をうかがい、マルコムはドレイファス等に銃を向け、シーザー達の機会を壊さないように制止を求める。
が、分けの分からないドレイファスは何がどうしてマルコムが猿たちをかばっているのかサッパリだった。
一方、タワーの上に君臨するコバの元にシーザーが。
死んだと思っていたシーザーが目の前に居る事に驚くコバ派の猿等。
するとコバは、既にコバが猿たちのボスで、ここにシーザーの居場所は無いと告げる。
シーザーは人間は戦争を望んでいない。生き残りたいだけだと言うが、
コバは猿のために戦う！と、それは自分の為だと言うシーザー。
そしてシーザーとコバの体を張った戦いが始まる。
