その一報は直ぐに警察にも届き、騒然としていた。
そして志々雄は亡き大久保利通の後任者、伊藤博文を呼び出すことに。
呼び出された伊藤博文、川路利良 等 政府重役の面々。
煉獄の目の前の海岸で会合が行われることに。
会合では食事が振る舞われ、円満に進んでいるかのように見えたが、志々雄の大久保に対する失礼な質問に荒ぶる重役等。
するとその荒ぶる重役に志々雄の手下が手を下し、殺してしまう。
悲鳴とわめく他の重役等に「黙れ！」と一喝、世間には別の理由で亡くなったと報告しろと言う伊藤。
全て闇に葬る伊藤の政治のやり方に、俺を焼いたのも政治なのかと言う志々雄。
焼かれたせいで志々雄の体は発汗が出来なくなり、生きているのも不思議なほどだと。
席を立とうとする伊藤に合わせ、志々雄の手下が重役等を次々と惨殺していく。
さらに命が欲しければ剣心を探し、民衆の目の前でさらし首にしろと命令。
そして志々雄の動向に恐怖する政府は全国に剣心を指名手配。
警察では その指名手配に斉藤一は維新の功労者であり、志々雄殺しを命じた剣心を捨て駒にするなど、武士の誇りを忘れたのかと呆れ去って行く。
一方、京都の隠密御庭番衆の隠れ家「葵屋」では剣心と薫の安否を心配する左之助と弥彦。
操（みさお）は蒼紫（あおし）にやられた翁（おきな）の看病をしつつ、慕っていた師匠の蒼紫に憎しみの感情が。
すると京都にも剣心の指名手配の情報が。
それに怒る左之助だが、弥彦は指名手配されるって事は剣心はまだ生きてるって事だと。きっと薫も一緒だと。
すると そこに来客が。
客は葵屋の手ぬぐいを持って、それを私に来てくれた人だった。
その手ぬぐいを見た操は、その手ぬぐいは前日に傷を負った薫の腕に巻いてあげたものだと気付き、手ぬぐいを持ってきた客から事情を聞き、病院へ行くとベッドで寝ている薫の姿が。
一方、そして師匠から奥義を伝授してもらうべく、手合わせをしている剣心。
だが全く刃が立たず、大人に遊ばれている子供のように軽くあしらわれてしまう剣心。
倒れても倒れても向かってくる剣心に幼き頃の剣心とダブらせて見ていた比古は
「墓を作ることしか出来ない子供のままのお前ではいつまで経っても奥義は会得できん」と。
その夜、比古と言葉を交わし、今のままでは志々雄どころか志々雄の手下すら倒せないと言う剣心は「命を捨ててでも奥義を会得しなければ」と。
その言葉を聞いた比古は愚かだと、七輪に刺さっていた串を剣心の首に突き立て「ならば今死ぬか？」と。
続けて「時間をやるから今のお前に欠けているものを理解しろ」と。
その言葉に一晩悩み考える剣心。
翌日、竹林の中で比古と対する剣心。
「見出すことはできたか？」と問う比古に出来なかったと言う剣心。
呆れた比古は刀を取り、「今のお前ではまた人斬りという過ちを犯すだろう。そんなお前に引導を渡すのが師匠の務めだ」と剣心と刀を交える。
戦いの中で恐怖を覚える剣心。
それは師匠に怯えているのではなく、そこにある死への恐怖だと気付く。
そして無我夢中で比古に対する剣心は「志々雄を倒すためには今死ぬわけにはいかない！」と一振り。
その一振りに感心する比古は「生きようとする意思がお前に足りなかったものだ」と。
その命の重みが奥義の会得への第一歩だと。
その頃、病院で目を覚ました薫は左之助と弥彦と東京へ向かうことに。
そして奥義を得た剣心は比古と別れを告げ、志々雄の元へ向かうことに。
するとそこに操が。
そして操から薫の無事を知り、一度京都へ。
葵屋に着いた剣心は自分が指名手配されていることを知り、御庭番衆の抜け道の地図を授かる。
そして翁に別れを告げようと、翁の部屋に行くとそこに翁の姿はなかった。
翁は御庭番衆の抜け道を剣心が使うことを予測し、待ち伏せしていた蒼紫の考えを先読み。
すると目の前に蒼紫の姿が。
しかし翁の体はボロボロ。歩くことが精一杯。
そこに操と剣心が。
倒れる翁を支える操と
そしてついに剣心と蒼紫が相見え、翁は剣心に「操のために、そして蒼紫自身のために蒼紫を殺してくれと」と刀を交える。
戦いの末、蒼紫は剣心に敗れ、剣心はそのまま単身で東京へ。
その後、葵屋で操から手当を受ける蒼紫。
目覚めた蒼紫は「翁の敵を取るなら遠慮無くやれ」と、それに対し操は「貴方には翁と死んでいった御庭番衆のみんなの分まで生きて貰う」と部屋を出た後、涙を流す蒼紫。
一方、東京の神谷道場に戻った剣心。
そこで恵と再会。恵からいつもの胴着を受け取り腕を通す。
そして道場を出ようとしたとき、警察の集団が道場内へ。
剣心を捕らえようとするが、へっぴり腰の警官を見た剣心は、其方等と剣を交える理由が無いと自らの刀を置き、そのまま捕らえられてしまう。
そして警視本部へ連れてこられた剣心は伊藤から政府は人斬り時代の剣心の意向が政府によるものだと志々雄にバラされたくないが為に志々雄の言いなりになり、剣心には生け贄になって貰うと。
しかし、今の状態では結果的に東京に大きな被害が出ると。
そこで剣心は志々雄に近づければ勝機はあると。
それを聞いた伊藤は餞別代わりに伝説に相応しい花道を用意してやると、ある作戦に出る。
そして東京湾で剣心のさらし首の準備が進む。
その情報を知った薫、左之助、弥彦は海岸へ急行。
ついに縄で縛られた剣心が東京湾へ。
薫等も駆けつけるが、そこに志々雄の姿は無く、佐渡島によって罪状が述べられる。
その中で剣心に切られた被害者達の名前が次々と読まれていく。
そこで剣心の記憶がフラッシュバック。
そして人斬りと野次る民衆を前に、ついに処刑人によって剣心の首が切られようと。
振り下ろされた刀は剣心を縛っていた縄を切っただけだった。
その処刑人の中身は斉藤一で、一気に乱戦の開始。
そして左之助も合流。
剣心、左之助の2人は煉獄に乗り込むことに。
そこで早速再び宗次郎と刀を交える剣心。
同じ頃、左之助は十本刀の一人、案慈（あんじ）と拳を交えていた。
宗次郎との戦いを終えた剣心は志々雄の元へ。
