母親を亡くしたフォードはアメリカで妻子を持ち、海軍へ入隊。
休暇で長期の訓練から何ヶ月かぶりに我が家に帰る日。
家ではフォードを待ち望む妻のエルと息子のサムが父の帰宅パーティーを。
久々の帰宅に家族全員笑顔で盛り上がる中、一本の電話が。
それはフォードの父親、ジョーが日本で逮捕されたとの一報だった。
せっかくの休暇にわざわざ日本へ来たフォードは警察署でジョーと何年かぶりに再会。
そのまま日本でジョーが生活している家に。
家は資料や書類で荒れており、あまり客は来ないというジョー。
部屋を見渡すフォードはある資料を目にして、未だにジョーが15年前の事故の原因を調べていることを知る。
放っておいてくれと言うジョーに半ば呆れながらも、フォードはジョーにアメリカで一緒に住もうと提案する。
が、ジョーはあの事故は天災では無く、何か他に原因があると。
あそこには妻のサンドラが。追い出されて写真の一枚も手元に無いと悲しみを訴える。
するとジョーは突然、明日立ち入り禁止となっている昔の家に行くと言い出す。
馬鹿げてると反対するフォードだが、ジョーの熱弁に心打たれ同行することに。
翌日、ジョーは仲間の協力を得てボートにより海岸から雀路羅市へ潜入。
人気が全く無い荒れ果てた街を歩くジョーとフォード。
政府の対応を擬死していたジョーは持っていた放射線測定器を見ると無害のレベル。
やはり隔離には別の理由があると、さらに奥へ進む。
そして昔の家へ。
そこは15年前の事故があったその日のそのままの状態だった。
二人は荒れ果てた家の中を歩き、ジョーは家族写真を見つけ。それをじっと眺めていた。
すると外からヘリコプターの音が。
外へ飛び出ると、目の先には明らかに停止した原発を監視する施設とは違った物々しい建物が建設されていた。
建物を眺めていると、突然武装集団に囲まれ、連行されてしまう。
建物へと連行され、途中で何か得体の知れない物を見る二人。
それは定期的に赤く光る巨大な鉱物？のようなものが。
そこの管制室では、芹沢が現場を管理していた。
芹沢の元に、過去に現場で働いていた者を捕らえたとの情報が。
フォードは車に監禁され、ジョーは事情聴取を受けることに。
ジョーの事情聴取を外で聞く芹沢はジョーの持っていた資料に目を通し、ジョーに一目を置くような視線を送る。
さらにジョーは、隠蔽の問題と、最近になって15年前のデータと同じ事が起こっている。周辺の電気製品は全て無駄になると熱弁する。
すると突如施設の機器に影響が。
管制室に戻った芹沢はジョーの持っていた資料と現在のデータを照らし合わせると見事に合致。
15年前と同じ事が起こると察知した管制室は緊急体勢に。
現場は慌ただしく体勢に着くが、突然の事態に万全な対応が出来ない状況。
赤く光る鉱物は点滅を早める。
芹沢の指令でその鉱物を電流で破壊することに。
強力な電流と共に鉱物から出る波長も無くなったと思った次の瞬間、突然鉱物の中から巨大な足が飛び出す。
それは鉱物では無く、巨大な卵だった。
そして卵から孵った巨大生物は暴れながら施設を荒らす。
逃げ惑う人々に、車で拘束されているフォードが何が起こっているのか理解できない。
何とか車から脱出したフォードだったが、ジョーは巨大生物が暴れた際に崩れた施設に巻き込まれ重態。
巨大生物はそのまま翼で飛び立ち、どこかへ行ってしまう。
このニュースは瞬く間に世界中に広がったが、それらは全て地震による天災だと伝えられ、巨大生物の事柄は陰謀された。
そしてアメリカではフォードを待つ妻のエルもニュースを見て夫の心配を。
一方、日本の事故後の現場は海軍の管轄下となり、遺体で溢れかえる中で被害者の捜索が行われていた。
軍には怪物の情報も流れており、無事逃げ切っていた芹沢と助手のグレイムは、説明を求められることに。
そして崩れた瓦礫の被害に遭ったジョーは救急隊員から応急処置を受けるも、なんとか意識を保っている危険な状態。
そんなジョーを見つけた芹沢は、彼が必要だと同行を求め、フォードと共にヘリで海軍の航空母艦へと向かうことに。
依然危険な状態だったジョーは、フォードに最後の言葉をかけ、ついにヘリの中で息を引き取る。
そして母艦に到着し、母艦内では生まれた巨大怪物の名はムートーとし、軍の総力を挙げて捜索を続けていた。
そんな中、会議室ではフォードも交え、芹沢が今までの研究内容と事件に関連する事例などを説明。
始まりは1954年。
初の原子力潜水艦の運航が開始されたとき、それが何かを呼び覚ました。
核爆弾のテストとされた50年代の核爆発は全てテストではなく、呼び覚ましたそれを殺すために行われた裏があったと。
それは放射線を食料に生き続け、地上の放射線濃度が薄くなった後には、深海で地球の芯から出る放射線を吸収し続け、生きてきた。
その生物の名は ゴジラ 。
この発見は連合の条約において秘密裏として処理され、今まで隠され続けてきた。
そして1999年に芹沢等は鉱山でゴジラとは違う巨大生物の化石と卵を見つけた。
その卵から羽化した生物はそのまま放射線を求め、日本の雀路羅市の原発に向かい、そこで繭を作り放射線を吸収し成長し続け、数時間前に我々の目の前で羽化した。それがムートー。
繭の状態で殺すことで、吸収した放射線が放出されることを考慮して、静観することしかできなかった。
観察の中で研究を行い、ムートーは電磁パルスを使うことも発見。
そしてフォードの父であるジョーの研究資料を見た芹沢は、ジョーはこの事を予測していた。そしてフォードにジョーが他に何か言っていなかったか聞くが、フォードは父親の事をほとんど知らなかった。
芹沢はジョーの資料を基に、ムートーを追うことに。
そしてフォードは軍用ヘリで一度ハワイに向かい、そこから民間機で自宅へ送られることに。
ハワイに着いたフォードは電車で飛行場へ向かうことに。
一方、軍ではムートーを追っていた潜水艦からSOSを受信、ハワイのダイヤモンドヘッド付近で通信が切れたと。
その後ハワイに居た軍から陸で潜水艦を発見。そしてその近くでムートーを発見。
それはすぐに芹沢等の母艦へ伝えられ、同時に別の反応がムートーへと向かっているそして数機の戦闘機が現場へ。
ハワイのホテル付近では、投入される軍隊や戦闘機を見た観光客が何事かと物々しい雰囲気に。
そして戦闘機が攻撃態勢に入ろうとした時、ムートーが光る前足を地面に突き刺した瞬間に戦闘機の動力が停止、墜落。
同時にハワイ全体の電力が消失。
フォードの乗っていた電車も停止。
すると海岸からついにゴジラが姿を現す。
ハワイに上陸したゴジラは、街を破壊しながらムートーめがけて推進。
電力が復帰し、電車も動きだし安心したフォードだったが、その目の前にはムートーの姿が。
軍もムートーへの攻撃を続ける。
さらに電車はムートーが居る方へ向かっていく。パニックに陥る車内。
電車が破壊されるも、辛うじて逃げ切ったフォード。
戦闘機からの攻撃も効果は無く、次々と墜落させられる。
そしてついにゴジラとムートーが顔を合わせる。
が、ゴジラを見たムートーは逃げ、それを追うようにゴジラもハワイを後にする。
翌朝。
災害地となったハワイの仮設施設では行き場の無くなった人達や家族を探す人達で溢れかえっていた。
そしてフォードはそこで自分の軍隊と合流。
一方、軍は勢力をかけてムートーとゴジラを追跡。
芹沢はムートーが出している波長によってゴジラが起こされ、ゴジラはムートーを狩ろうとしていると推測。
では何故ムートーはそんな波長を出しているのか。
と、すぐに思いついた芹沢は、鉱山で眠っていたもう一つの卵を思い出し、ムートーはそれを呼んでいると推測を進める。
発見後、ネバダに埋められたその卵をすぐに追ったが、そこは既に何かが羽化した跡が残されているだけだった。
生まれたその生物はすぐに発見され、その映像もすぐに軍へ。
その姿はムートーと似ていたが、先に生まれたムートーとは翼が無いなどの違いが。
芹沢は咄嗟に先に生まれたムートーがオスで、先ほどネバダで生まれたムートーがメスであると推測。
そしてオスとメスは子供を産むためと成長に必要な放射線を求めている。
そして軍は作戦を提示。
サンフランシスコの海上にタイマー式の核爆弾を設置。
そこにムートーを誘い、そこでムートーを追っているゴジラ共々破壊すると。
そこで芹沢は一つの理論を語る。
ゴジラは平衡を司る存在であり、それを揺るがすムートーを倒すためだけに存在している。手を出すべきでは無いと。
しかし、ただ見ているだけなど出来ないと軍は作戦を決行することに。
そしてカリフォルニアで対ムートー＆ゴジラへの戦闘態勢が組まれる。
そこには軍へ帰還したフォードの姿も。
フォードは爆発処理班所属で、使われる核爆弾も理解していることから、この任務に就かせてくれと直訴。任務に参加することに。
ついに作戦実行の時間に。
最後に芹沢は作戦の中止を志願するが、指揮官の提督とは折り合いが付かず、作戦開始。
ムートーの影響により、電子機器が使えず、アナログの物しか使用できない状況で機関車にて核爆弾を運ぶフォード等 軍隊。
が、しかしそこにムートー メスが。
電車に積んでいた核爆弾を奪われ、飲み込まれてしまう。
そしてサンフランシスコでは仮設の避難所が建設され、フォードとエルの息子のサムは避難所へ送られ、看護師であるエルは病院に残ることに。
ムートー メスの襲撃から何とか逃げ切ったフォード等軍はもう一つの核爆弾を用意し、再び同じ作戦を。
そんな中、ゴジラが逃げる市民が多く渡っている橋へと向かっていると軍に連絡が入る。
その橋には今まさにサムを載せたバスが渡ろうとしていた。
橋の上で渋滞に巻き込まれていたバスの中は子供達等が騒いでいる状況。
しかし突然のゴジラの雄叫びに静まりかえる車内。
そこにゴジラ登場。
橋を横断しようとするゴジラに攻撃する軍。
それを見たバスの運転手は覚悟を決めて車を発進、軍の攻撃とゴジラの暴行で崩れる橋を運転手のスーパードライビングテクニックで何とか抜けるバス。
そして海上ではついに核爆弾のタイマーが始動。
そんな中、突如 電磁パルスが。
墜落する戦闘機に慌てる隊員の上空からムートー オスが。
核爆弾を奪われてしまう。
ムートー オスはその爆弾をメスに渡し、メスは街中に巣作りを始める。
そんな中、フォードが作戦室に呼ばれる。
核爆弾が奪われてしまい、いずれ爆発する核爆弾が街中にある。
今はそれを停止する必要があると。
上空パラシュートでムートーの巣付近に着地、核爆弾のタイマーを手動で停止させる。その作業を現在のチームに居る唯一の爆弾処理班であるフォードに託すことに。
そして街中ではついにゴジラとムートーが対決。
逃げ惑う市民の中にエルの姿が。エルは人の流れに身を任せ、地下シェルターの中へ。
そして軍用飛行機にてはるか雲の上からパラシュートでゴジラとムートーが戦うすぐ側に着地。
そしてついに巣の中に卵に包まれた核爆弾を発見。
タイマーを解除しようとするが、蓋が開かず、内部にアクセス出来ない。
仕方無く、核爆弾をそのまま運び出すことに。
巣から撤退する時、フォードは背後に何かを感じる。
