そして無理矢理 王となったセトはエジプトを独裁。
自らの私利私欲で民衆を奴隷として扱い、戦いに敗れたホルスは姿を眩ましてしまった。
それからしばらく経ち、エジプトの雰囲気はガラッと様変わり。
世界を作った太陽の神であるラーに認めて貰おうと、セトは民衆を使って巨大な塔を建設。
相変わらずの独裁を続けていた。
そんな中、エジプトに住む人間のベックとザヤ。
二人は愛し合っており、いつか一緒に住むことを望んでいた中、セトの独裁によって引き裂かれてしまう。
ベックはいわゆる盗人で、素早い動きと身のこなしは人間としては優れていた。
そして労働の奴隷として配置されたベックは、ザヤに会うために監視の目をかいくぐって抜けだし、ザヤが働かされている部屋に侵入。
その部屋は、建設家であるアナトの部屋で、王宮にある建物全ての建物の設計図が収められていた。
そこでザヤは、王宮のどこかに隠されているホルスの目を盗んでホルスに返し、力を取り戻したホルスにセトを倒して貰おうとベックに話を持ちかける。
そしてアナトの部屋から、怪しい設計図を見つけ出し、ベックがそこに侵入することに。
そして夜。
ベックが設計図の部屋に忍び込むと、そこは侵入者を問答無用で惨殺してしまう様な罠だらけ。
しかしベックの持ち前の身体能力と、運にかけた衝動的な行動で、なんとかホルスの片目を奪取。
そして早速、ザヤにこの事を知らせようと駆けつけるが、そこには既にアナトが二人の作戦を嗅ぎ付けて、二人を包囲。
ベックの機転で馬車を奪い取って逃げることに成功するが、逃げる途中でアナトが放った矢によってザヤが殺されてしまう。
悲しみに暮れながらも、ベックはホルスが身を隠しているとされる場所へ。
そこに着くと、やさぐれたホルスが。
ホルスはベックが自分の目を持っていると知り、奪い取ろうとするが、ベックはザヤを生き返らせて欲しいと取引を持ちかける。
仕方なくホルスはザヤの状態を見るが、既に時遅し。
ホルスはアヌビスと言うあの世の番人を呼び出し、死者の魂となったザヤを黄泉の世界へ送る。
ベックは訳も分からず、しかしホルスはザヤが黄泉の国で9つの門をくぐる前にもう片方の目を手に入れればどうにかなるかも知れないと言う。
もう片方の目が保管されている場所の設計図を見たというベックに着いてこいとホルスはセトへの復讐に立ち上がる。
一方、セトはホルスの目が奪われたことを知り、刺客を送り出す。
その頃、ホルスは祖父であるラーの元を訪れる。
ラーは箱船に乗り、たまに現れる巨大な怪物アポピスから船と地上を守り続ける身。
ホルスはそこから創造の水と呼ばれる水を手に入れ、これで砂漠の火を消し、セトの力を弱めようと言う。
そして地上に戻ったホルスとベックは、セトの送り込んだ刺客からの襲撃も、二人が手を組み、見事なコンビネーションでなんとか対処。
さらに危険なところは突然現れたホルスの彼女である愛の神ハトホルに助けられる。
そして知識の神であるトトも仲間に加わり、
一行はセトの力の源である場所へ。
その道中でハトホルは、ベックが自分の彼女（ザヤ）を蘇らせてくれるから同行していることを聞く。
その後、ベックの居ない場所で、ハトホルは何故ベックにあんな嘘をついたかと聞くが、ただ奴は使えるとだけ答えるホルス。
そしてセトの力の源である場所に、早速ベックの活躍と、トトの知識で侵入する一行は、最深部にたどり着く。
が、そこには既にセト自身が先回りしており、ホルスとハトホルは捕らえられ、トトは神器である脳を抜かれ、ベックはセトからザヤを蘇らせることは不可能である事実を告げられ、ベックが持っていた創造の水も奪われ、容器ごと壊されてしまう。
何とか逃げ切ったホルス、ハトホル、ベックの3人。
そして彼女を蘇らせることは出来ないと事実は本当だとホルスから聞き、落胆するベックに、ハトホルはアヌビスを呼び出し、自身が持つ宝と引き替えにベックをザヤと合わせる約束を取り付ける。
ハトホルの持つ宝である腕輪には悪魔が封じ込められており、外すと自身も闇の中へ引きずり込まれてしまう。
何故！と逆上するホルスに、私は愛の神だと。
そして自身が持つ腕輪を取ると、混沌の闇に連れ込まれてしまうザヤ。
そして残された腕輪を差し出すホルス。
それを受け取ったベックは黄泉の国へ。
一方、セトはいくつもの神々を殺しては、神器を自らの体に取り入れ、パワーアップ。
そしてそのまま祖父のラーの元へ行くと、ラーはセトを後継者にしたいと言い出す。
しかしセトは、ラーのように死ぬまでアポピスを退治をするなどゴメンだと、ラーを船ごと破壊。
その頃、黄泉の国へ来たベックはザヤと再会するが、ザヤは相変わらずホルスを信じてと。
そして最後の別れを告げて、ザヤは死後の世界への扉の前へ。
すると、ラーが倒されたことにより扉が崩壊。
アヌビスがすぐに力を使って黄泉の国の崩壊を食い止め、ザヤもホルスト共にセトを止めてとベックを送り出す。
そして元の世界へ戻ってきたベックはホルスと王宮へ。
ラーを倒したセトは、この世界そのものを作り替えると、アポピスと一騎打ち。
そしてセトが立つ塔の上に、こっそりとやってきたベックとホルス。
二人が手を組み、セトの隙を突いてセトに埋め込まれたもう片方のホルスの目をベックが奪い、セトに投げ飛ばされ塔から滑り落ちるベックはホルスに向けて片目を投げる。
ホルスよりも遠くに飛んでいく目。
ホルスは目を取ろうとするが、見た先には今にも塔から滑り落ちるベックの姿。
