どよめく会場。
すると、ゆっくり次郎吉達の前に一人の男（黒羽快斗）が。
早速チャーリーが静止しようとするが、いつものように華麗に逃げていく。
そのライブ中継をテレビで見ていたコナンは、あれは本物のキッド？と疑う。
一方、ニューヨークでは次郎吉と園子の前に一人の青年が「お困りのようですね？」と。
それは工藤新一だった。
その後、次郎吉達はジャンボジェットを貸し切り、「ひまわり」を日本へ輸送。
機内には7人の侍と新一の姿。
キッドの変装かと疑うチャーリーに、新一の顔を引っ張って本物だと証明する次郎吉。
一方、羽田空港では次郎吉達を待つ小五郎と中森警部。
さらに次郎吉に呼ばれて毛利蘭と、キッドキラーとして次郎吉から信頼されているコナンの姿も。
そこに園子から蘭へ電話が。
サプライズをフライングで、機内に新一が居る事を開かす。
「新一！？」と驚く蘭に、驚くコナン。
と、その新一は貨物室へ。
もちろん新一の正体はキッド。
キッドは貨物室の「ひまわり」を固定してあるベルトが外れていることを確認。
すると貨物室の出入り口が爆発。
入り口のドアが第4エンジンに接触、大破し炎上。
機内はパニック。
貨物室では絵画が外に投げ出され、それを追いかけ、大空に飛び出るキッド。
一方、ジェット機からの無線で羽田空港では緊急着陸の態勢が。
園子との通話中に爆音を効いた蘭たちもパニック。
その知らせは空港に居る警察、小五郎等にも。
それを聞いたコナンは、ジャンボジェットが着陸する所が見える連絡通路へ。
その頃、空中ではキッドがなんとか絵画をキャッチ。
空港では燃えるジャンボジェットを目視するコナン。
それ見た他の客は悲鳴をあげて逃げ回る。
何とか着陸するもブレーキが効かず、早急にエンジンを逆噴射。
コナンの目の前に突っ込んでくるのに避けようとも逃げようともしないコナン。
「止まってくれ！」とのコナンの願いが叶い、ギリギリで停止。
緊急着陸は成功。
と、安堵するコナンの目の先には空を滑空する「ひまわり」を持つキッドの姿が。
すぐに追うコナン。
屋上でキッドを発見するも、すぐに姿を眩ますキッド。
その後、キッドが居た屋上で無事に「ひまわり」を保護。
その後、小五郎達は何故キッドが絵画を置いていったのかと考える中。
チャーリーはキッドのことを凶悪犯だと。
中森警部を始めコナン達も、キッドが飛行機を墜落させるなんて…と。
そして絵画は機外に投げ出されたが、修復の必要が無い綺麗な状態だったことが分かり一安心する次郎吉。
その後、絵画は鈴木財閥が大金をかけて作った金庫「鉄たぬき”改”」で厳重に管理。
さらに、展覧会では警備を厳重にするため、演出家 岸久美子の提案で廊下に複数の監視カメラを置くため、沢山の向日葵を置いてカモフラージュをすると。
翌日、小五郎の事務所に怪盗キッドからカードが届く。
カードには「今夜、ラ・ベルスーズの左、最初の模写を頂きにまいります」とのメッセージが。
そのことは直ぐに次郎吉に伝わり、そこに居た7人の侍等が、キッドのメッセージ通りなら、狙われるのはここにある「ひまわり」ではないと。
ラ・ベルスーズの左の最初の模写は5番目に描かれた「ひまわり」であると。
その「ひまわり」は現在、損保ジャパン日本興亜美術館に展示されていた。
一方、その事を知らないコナンと少年探偵団達は、博士に連れられて、次郎吉に展覧会の予習でまさにその5枚目の「ひまわり」を見に来ていた。
コナンはキッドが宝石以外のものを狙うなんておかしい。と考えながら「ひまわり」の展示場所へ行くと、その前のイスに座って「ひまわり」を心痛な面持ちで見つめるお婆さんの姿が。
騒ぐ子供達と博士に謝る灰原に笑顔で「お構いなく」と応えるお婆さん。
灰原がお婆さんと話していると、お婆さんは毎日ここに来ていると。
よっぼどこの絵が好きなのね、と言う灰原に「そうね。けど、この「ひまわり」じゃない」とボソリ。
するとそこに小五郎達が。
驚くコナンは、そこでキッドがこの絵画を狙っていることを始めて知る。
次郎吉に言われコナンは捜査チームに合流。
美術館の応接室で、7人の侍達はラ・ベルスーズの左に飾られるのはこの5枚目の「ひまわり」であることから、今夜これが狙われるであろうと推測。
閉館後、「ひまわり」を厳重に保管することに。
と、「ひまわり」を箱に入れようとしたとき、コナンが絵画に何か張り付いてることに気付く。
それはキッドのカード。
カードには「ひまわりは確かに受け取った」とのメッセージが。
コナンは「キッドが指定の時間を守らないなんて…」と。
既にひまわりがすり替えられていると踏んだ捜査チームは恐らく本物だが、本格的に鑑定をしようにも設備が十分ではないと。
侍の一人の会社でなら鑑定ができるので、一度預からせて欲しいと。
それに了承した次の瞬間。
美術館の警備員とおもしき人物が突然変装を解き怪盗キッドに。
この簡易鑑定自体が罠だった！と、「ひまわり」が盗まれる。
またも華麗に逃げ、コナンもチャーリーと共に追うが、屋上で取り逃がす。
キッドが「ひまわり」を奪う際に館長の胸ポケットに忍び込ませたキッドカードには
「先ほどのひまわりを格安の100億円でお譲りします」とのメッセージが。
すると次郎吉が「ワシが出そう」と。
その代わり、5枚目の「ひまわり」を展覧会に貸して欲しいと。
さらに他の5枚の「ひまわり」もこの美術館から出展を打診して欲しいと。
願ってもない出資に快く承諾する館長。
が、館長も1つだけお願いを。
その展覧会に この美術館に毎日通っているお婆さんを招待して欲しいと。
それを了承する次郎吉。
2時間後に東都プラザホテルの1412号室で、100億円をテーブルに並べ、館長と1対1での取引とのキッドから要求に従う操作チーム。
部屋には監視カメラと100億円が用意され、ホテル全体に警官を配置するなど準備が進められる。
監視室では小五郎等、コナン等も監視。
監視カメラをのぞき込むコナンを見たチャーリーは隣のパソコンでモニターを映してくれる。
チャーリーはコナンの洞察力と行動力を買っていると。
コナンは、わざわざ100億円を現金で用意させたのには訳がある。もっともキッドなら予め部屋に仕掛けをしているだろうと。
そしてついに約束の時間。
監視カメラを見るコナンは何か異変に気付く。
それは核心になり、部屋を飛び出すコナン。
そのコナンを追うチャーリー。
エレベーターの中で、チャーリーに説明。
監視カメラに映っていたペットボトルの水位が上がっていた。
これは部屋の気圧が上がってる証拠だと。
そして艦長が待機する部屋に。
マスターキーでドアを開けようにも気圧差でドアが開かない。
そして時間丁度。
部屋の窓ガラスが爆発と共に割れ、現金が舞う。
同時にドアをこじ開けるコナンとチャーリー。
舞う現金。
窓の外にはキッドの姿。
チャーリーが隠し持っていた拳銃でキッドへ発砲。
しかし華麗に交わされ、逃げられてしまう。
その後、ベッドの上に「ひまわり」が返されていたことに気付く。
「ひまわり」を取り返す。
しかしこの展開に不信感が募るコナン。
そして展覧会の開催が近づき、チケットの販売も行われる。
テレビで展覧会が行われる会場「レイクロック」が紹介。
最新技術と共にセキュリティの強固さが紹介される。
もしもの時にもセンサーで絵画は防火防水のケースで覆われ、安全な場所へ自動で移動される仕組み。
美術館への運送には無数のダミーでカモフラージュ。
コネでコナン等のチケットは入手。
その頃、次郎吉の元へキッドカードと小包が届く。
その小包にやたらと吠える次郎吉の愛犬ルパン。
ルパンが小包を咥えて床に落とすと、突然小包が発火。
次郎吉はすぐに警察に通報しようとするが、これが公になると展覧会を中止しなければならなくなると忠告するチャーリーの言い分に納得した次郎吉は、この事を内密に処理。
その後、次郎吉のボディーガード 後藤善悟 がある部屋に侵入。
その部屋のノートパソコンをハッキングし、あるデータを盗み出す。
そしてついに展覧会が開幕。
最初の入場者としてコナン等が入場。
警備室では後藤がモニター係で、次郎吉と7人の侍がセキュリティの正常動作を確認。
と、小五郎がモニターに目をやるとゲートを通過する新一の姿が。
最初のグループが1枚目の「ひまわり」を見ている間、2枚目の「ひまわり」を見ている人が居ると。
モニターに映すと、そこには損保ジャパン日本興亜美術館に毎日通っていたお婆さんの姿が。
その「ひまわり」を見て涙するお婆さんを見て、密かに涙を流す後藤。
一方、コナン等は2枚目の「ひまわり」を見に行こうとすると、園子が新一の姿を発見。するもすぐに見失ってしまう。
その場でキッドカードを見つけるコナン。
すぐに小五郎達の居る警備室へ。
カードには「14人＝(11人+1人)+2人 15人＝(11人+1人)+2人+1人」と書かれていた。
14人の内の（）の12人はキリストの12使徒。残り2人はテオとゴーギャンであると推測。
15人とした場合は、残り1人がゴッホ自身だという説があると。
だとしてもこれが何を意味するのか分からないまま、早々に閉館させることに。
このまま閉館させれば、きっとキッドは館内に残るはず。そこで強固なセキュリティを発動して閉じ込める作戦。
入場ゲートのX線検査でマジック道具も持っていないだろうと強気な次郎吉。
初日は会社関係者や知人しか呼んでおらず、暴動も起きまいと。
そして7人の侍は緊急事態の体勢に。
それぞれが担当の「ひまわり」の警護に回ると。
その時、コナンがキッドカードの謎に気付く。
あえて12人と書かず(11人+1人)と書いたのは、裏切り者のユダを意味している。
つまりキッドは関係者の中に裏切り者が居ることを伝えようとしているんじゃないかと。
中森警部はすぐに7人の侍の素性を調べることに。
そして会場は閉館。
館内を監視していたチャーリーは最後にサーバールームと電気制御室を見に行くことに。
念には念を押して、無線では「すべて調べた。持ち場に戻る」と通信。
そのまま電気制御室に。
チャーリーの思惑通り、その通信を聞いていた新一扮するキッドは電気制御室を出ようとするが、そこでチャーリーに見つかってしまう。
入れ替わるようにその背後から黒影が。
黒影は電気制御室の機械に火を付け、館内の電気をシャットダウンさせる。
停電となった館内。
すぐに自家発電に変わり、監視モニターも戻り、「ひまわり」の無事を確認。
同時に目暮警部に調査を頼んでいた7人の侍の素性が分かり、キッドは犯人じゃないかも知れないと言う中森警部。
ゴッホが7枚の「ひまわり」を描いたとされるフランスのアルル。そこでその人物の双子の兄が亡くなっていたと。
その人物は絵画修復士の東。
東の兄は自殺した、と中森が話すと通信を通して聞いていた東本人が
「あれは自殺じゃない。俺が殺したんだ」と自供。
東によると、アルルの古民家から芦屋の「ひまわり」が見つかったときから兄は変わってしまった。と。
芦屋市空襲の際に焼失されたと思われていた「ひまわり」は実は空襲で家が燃えさかる中、東の祖父が使用人にその「ひまわり」を託し、命と引き替えに守ったと。
その後、使用人がGHQから逃れるために本物を贋作(模倣品)に偽造してフランスに輸送。
それを聞かされた東兄妹はずっとその「ひまわり」を探し続け、ついにアルルの古民家でそれを見つけた。と。
しかし、それから兄は変わってしまった。
その芦屋の「ひまわり」はゴッホの街アルルに置いておくべきだと。そうでなければ今すぐ俺がこの絵を壊すと絵に拳銃を向ける東兄。
それを止めようとした東弟とのもみ合いの結果、誤って東兄の胸に発砲。
東兄は弟に「逃げろ！」と言い残し、自ら自殺に偽ってその場で死亡。
皮肉にもそこは向日葵畑の中だった。
そして展覧会のことを知った東は無事に日本に「ひまわり」が戻ってきたことを確認できた。
祖父の願いは守れたと。
展覧会が終わったら自主するつもりだったと、言うがしかし俺はコナン達が追ってる怪しい人物ではないと。
すると突然「ひまわりが燃えている！」という東。
館内に施されたひまわりの造花に火が回り、至る所で火災が。
次郎吉はすぐに退避システムのプログラムを起動させ「ひまわり」は機械により自動退避。
コナン達は脱出。
なんとか館外に出るが、コナンは脱出するギリギリに警備室でのモニターで2枚目と5枚目の「ひまわり」が退避できてなかったことが気にかかり、すぐに館内へ戻る。
と、居なくなったコナンに気付く蘭。
そして館内に戻ると、そこには新一扮するキッドの姿が。
キッドは退避システムを妨害していた棒を取り除き、5枚目の「ひまわり」は無事に退避させた。が、2枚目に引っかけられた棒が取れないと。
「どけキッド」と言うコナンはキック力増強シューズで落ちていた瓦礫を蹴り飛ばし、つっかえている壁にぶつけるが、びくともしない。
するとそこに蘭が。
これは！と二人は蘭に壁を破壊してくれ！とお願い。
戸惑う蘭だが、すぐに「やってみる」と。
気合いを入れて壁を破壊。つっかえていた棒も取れ、退避させることに成功。
脱出しよう！とその時、火の手に行き場を失う。
キッドはすぐに外へ連絡。
相手は寺井黄之助。寺井は後藤に変装してずっと捜査班に紛れていた。
キッドからの合図で爆弾にスイッチが入る。
「絶対に話すなよ！」と蘭を抱えるキッド。
その爆発で館内に流れ込む貯水槽の水。
その水に乗って流れていくキッド、蘭、コナンの3人。
流れる水の中から出たコナンとキッド。
蘭は気を失ってしまっていた。
そこでコナンはやっと今回の事件の真犯人に気付く。
そして脱出をしようと。
コナンはお前のことだから脱出のことも計算に入れていただろうと言うが、その方法じゃコナンと蘭を2人抱えてはその方法は使えないと。
キッドはずっとその真犯人を知っていた。
が、共犯者が居るかも知れないと、犯人を遊ばせていた。
謎めいた予告状を沢山送ればコナンが気付いてくれると思ったんだけどと言うキッド。
一方、退避された「ひまわり」の中に2枚目の「ひまわり」だけがない！と。
そして崩落した館内ではキッドが脱出経路を探りに出た所で、キッドが持っていた無線機器で捜査班と通話。
新一の声で謎解きと真犯人が暴かれる。
と、戻ってきたキッドだが、急に崩れ始める館内。
コナンはキッドに「蘭だけなら一緒に飛べるのか？」と。
驚くキッドに「飛べるのか飛べないのか！？」と迫る。
「正直わからない」と言うキッド。
すると突然崩れる足場に空中に放り出されるコナン達。
コナンは落ちながらも蘭の手を取ってキッドの方へ投げ「蘭を頼む！」と。
蘭を受け取ったキッドは、大量の落石の中ギリギリで交わしながら逃げ道を探す。
伸縮サスペンダーでなんとか着地したコナンは、絵画を退避させる専用のエレベーターで脱出を試みるも、途中で行き止まりに。
そこで2枚目の「ひまわり」を見つけるも、崩れ始めるエレベーター内部。
